হায়ারার্কিক্যাল এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং এর মধ্যে মূল পার্থক্য হল হায়ারার্কিক্যাল শটগান সিকোয়েন্সিং এ, সিকোয়েন্সিং এর আগে জিনোম বড় টুকরো হয়ে যায় যখন পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং এর জন্য পুরো জিনোম ছোট ছোট টুকরোতে ভেঙ্গে যায়।.
আণবিক প্রক্রিয়ায় সিকোয়েন্সিং একটি গুরুত্বপূর্ণ কৌশল, বিশেষ করে প্রজাতির সঠিক শনাক্তকরণে। আসলে, এটি একটি জিন বা একটি জিনোমে নিউক্লিওটাইডের সুনির্দিষ্ট ক্রম সনাক্ত করার কৌশল। সিকোয়েন্সিং জন্য অনেক কৌশল আছে. এর মধ্যে কয়েকটি ম্যাক্সাম গিলবার্ট মেথড, সেঙ্গার মেথড এবং স্বয়ংক্রিয় স্যাঙ্গার মেথড অন্তর্ভুক্ত।
হায়ারার্কিক্যাল শটগান সিকোয়েন্সিং কি?
হায়ারার্কিক্যাল শটগান সিকোয়েন্সিং হল সিকোয়েন্সিংয়ের একটি পদ্ধতি। একে 'টপ-ডাউন সিকোয়েন্সিং'ও বলা হয়। আরও, এই পদ্ধতিতে দুটি ধাপ রয়েছে: প্রথম ধাপটি হল জিনোম পরিবর্ধন এবং দ্বিতীয় ধাপটি হল জিনোম ফ্র্যাগমেন্টেশন। এই পদ্ধতিতে, জিনোমটি প্রথমে বড় টুকরোগুলিতে কাটা হয়। এটি ভেক্টর বা কৃত্রিম ক্রোমোজোম ব্যবহার করে বিভিন্ন হোস্টে এই বৃহৎ খণ্ডগুলির ক্লোনিং দ্বারা অনুসরণ করা হয়। তারপর, এই রিকম্বিন্যান্ট ভেক্টরগুলি একটি লাইব্রেরিতে সাজানো হয়। শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের সময়, রিকম্বিন্যান্ট ভেক্টর ক্লোনগুলি পৃথকভাবে সিকোয়েন্সিং করে। ক্লোনের টুকরোগুলি জিনোমের আকারকে আরও কমাতে সীমাবদ্ধ হজমের মধ্য দিয়ে যায়, যার ফলে সিকোয়েন্সিং হয়।
চিত্র 01: হায়ারার্কিক্যাল শটগান সিকোয়েন্সিং
শ্রেণিবদ্ধ শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের সময়, শটগানের সিকোয়েন্সিংয়ের আগে খণ্ডের বড় অংশগুলিকে ক্রমানুসারে সাজাতে হবে। এটি ক্লোনিং প্রক্রিয়ার সময় অন্তর্ভুক্ত করা আণবিক মার্কারগুলির সাহায্যে সংঘটিত হয়৷
অনুক্রমিক শটগান সিকোয়েন্সিং একটি কম-রেজোলিউশন জিন মানচিত্র তৈরি করে। কিন্তু এটি একটি আদেশকৃত ক্রম মানচিত্র তৈরি করে। সুতরাং, এটি সরাসরি সিকোয়েন্সিংয়ের চেয়ে দীর্ঘ সময় নেয়। একটি রিকম্বিন্যান্ট ভেক্টর লাইব্রেরি তৈরির কারণে পুরো প্রক্রিয়াটি বিলম্বিত হয়। এটাও কি শ্রম-নিবিড় কৌশল। যাইহোক, বর্তমানে, কৌশলটি কাজ সহজ করার জন্য স্বয়ংক্রিয়।
পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং কি?
পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং একটি একক ধাপ সিকোয়েন্সিং প্রক্রিয়া। এই প্রক্রিয়ায়, পুরো জিনোম শিয়ারিং প্রথমে সঞ্চালিত হয়। এটি অনুসরণ করে, এই ছোট ছোট খণ্ডগুলির প্রতিটি এলোমেলোভাবে অনুক্রমের মধ্য দিয়ে যায়। সিকোয়েন্সিং শেষ হলে, সিকোয়েন্স বিশ্লেষণ করা হয়।ক্রম বিশ্লেষণের সময়, ওভারল্যাপিং সিকোয়েন্সগুলি সরানো হয়, এবং বিশ্লেষণ একটি আদেশকৃত প্রক্রিয়া নয়। অতএব, ক্রমবর্ধমান শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের তুলনায় অনুক্রমের সমাবেশ একটি কম দক্ষ প্রক্রিয়া। যাইহোক, পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের প্রক্রিয়াটি আরও দ্রুত, এবং পুরো জিনোমের বিশ্লেষণ একটি একক ঘটনা ঘটতে পারে।
হায়ারার্কিক্যাল এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মিল কী?
- অনুক্রমিক এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং হল দুটি সিকোয়েন্সিং পন্থা।
- উভয়ই স্যাঙ্গার সিকোয়েন্সিং বা স্বয়ংক্রিয় সেঙ্গার সিকোয়েন্সিং পদ্ধতির মধ্য দিয়ে যায়।
- এরা ডিএনএ এবং আরএনএ টুকরো সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে জড়িত৷
- এছাড়াও, উভয় পদ্ধতিই আণবিক ডায়গনিস্টিক এবং গবেষণার উদ্দেশ্যে গুরুত্বপূর্ণ৷
- বর্তমানে, উভয় কৌশলই স্বয়ংক্রিয় বা কম্পিউটার-ভিত্তিক।
- উভয় কৌশলই জিনোমের ফ্র্যাগমেন্টেশনের উপর নির্ভর করে।
হায়ারার্কিক্যাল এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে পার্থক্য কী?
হায়ারার্কিক্যাল শটগান সিকোয়েন্সিং পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের তুলনায় বড় আকারের টুকরো তৈরি করে, যা ছোট ছোট টুকরো সিকোয়েন্সের সাথে কাজ করে। সুতরাং, এটি শ্রেণিবদ্ধ এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মূল পার্থক্য। এছাড়াও, শ্রেনীক্রমিক শটগান সিকোয়েন্সিং দুটি প্রধান ধাপ নিয়ে গঠিত, যেখানে পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং একটি বড় ধাপের উপর নির্ভর করে।
এছাড়াও, হায়ারার্কিকাল এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে আরেকটি পার্থক্য হল যে রেজোলিউশন পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং-এ হায়ারার্কিক্যাল শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের তুলনায় বেশি।
নীচের ইনফোগ্রাফিকটি হায়ারার্কিক্যাল এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে পার্থক্যকে সংক্ষিপ্ত করে।
সারাংশ – হায়ারার্কিক্যাল বনাম পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং
হায়ারার্কিক্যাল এবং পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং হল বড় জিনোম সিকোয়েন্স করার দুটি কৌশল। অনুক্রমিক শটগান সিকোয়েন্স হল সিকোয়েন্সিংয়ের একটি দ্বি-পদক্ষেপ প্রক্রিয়া যেখানে জিনোমটি বড় টুকরোগুলিতে বিভক্ত হয়। বিপরীতে, পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং হল একটি একক ধাপের সিকোয়েন্সিং যেখানে জিনোমকে ছোট ছোট টুকরো টুকরো করে সরাসরি সিকোয়েন্স করা হয়। সুতরাং, এটি শ্রেণিবদ্ধ এবং পুরো জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মূল পার্থক্য। তাছাড়া, প্রযুক্তিগত দিক দুটি কৌশলের মধ্যে পরিবর্তিত হতে পারে।
