BLAST এবং FastA-এর মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে BLAST হল একটি বেসিক অ্যালাইনমেন্ট টুল যা ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন ওয়েবসাইটে পাওয়া যায় যেখানে FastA হল ইউরোপীয় বায়োইনফরমেটিক্স ইনস্টিটিউটের ওয়েবসাইটে পাওয়া একটি সাদৃশ্য খোঁজার টুল৷
ব্লাস্ট এবং ফাস্টএ দুটি সফ্টওয়্যার যা ডিএনএ, অ্যামিনো অ্যাসিড, প্রোটিন এবং বিভিন্ন প্রজাতির নিউক্লিওটাইডের জৈবিক ক্রম তুলনা করতে এবং তাদের মিলগুলি সন্ধান করতে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়। এই অ্যালগরিদমগুলি গতির কথা মাথায় রেখে লেখা হয়েছিল। কারণ, বিজ্ঞানীরা যখন 1980-এর দশকের মাঝামাঝি পরীক্ষাগারে ডিএনএ বিচ্ছিন্ন করতে সক্ষম হন, তখন এটি উচ্চ গতিতে আরও গবেষণার জন্য অভিন্ন জিনগুলির তুলনা করার এবং খুঁজে বের করার প্রয়োজন উত্থাপন করে।সুতরাং, এই দুটি সফ্টওয়্যার এমনভাবে তৈরি করা হয়েছে যাতে ব্যবহারকারীরা তাদের ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের সাথে অনুরূপ ক্রমগুলির দ্রুত অনুসন্ধান করতে পারে৷
BLAST হল বেসিক লোকাল অ্যালাইনমেন্ট সার্চ টুলের সংক্ষিপ্ত রূপ এবং দুটি সিকোয়েন্সের তুলনা করার জন্য স্থানীয় পদ্ধতি ব্যবহার করে। FastA হল একটি সফ্টওয়্যার যা Fast A কে উল্লেখ করে যেখানে A হল সকলের জন্য। এখানে, সফ্টওয়্যারটি ডিএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ফাস্ট এ এবং প্রোটিনের জন্য ফাস্ট পি এর মতো বর্ণমালার সাথে কাজ করে। BLAST এবং FastA উভয়ই যেকোন জিনোম ডাটাবেসের তুলনা করার ক্ষেত্রে খুব দ্রুত এবং তাই, আর্থিকভাবে এবং সেইসাথে সময় বাঁচানোর ক্ষেত্রেও খুবই কার্যকর৷
ব্লাস্ট কি?
BLAST হল সবচেয়ে বহুল ব্যবহৃত বায়োইনফরমেটিক্স সফ্টওয়্যারগুলির মধ্যে একটি যা 1990 সালে তৈরি করা হয়েছিল৷ তারপর থেকে, এটি NCBI সাইটে সকলের জন্য উপলব্ধ৷ উপরন্তু, যে কোন ব্যক্তি এই সফ্টওয়্যার অ্যাক্সেস করতে এবং এটি ব্যবহার করতে পারেন. তাছাড়া, BLAST একটি সফ্টওয়্যার যার জন্য FastA ফর্ম্যাটে ইনপুট ডেটা বা সিকোয়েন্স প্রয়োজন। কিন্তু, এটি প্লেইন টেক্সট, এইচটিএমএল বা এক্সএমএল ফরম্যাটে আউটপুট ডেটা দেয়। ব্লাস্ট দুটি সিকোয়েন্সের মধ্যে স্থানীয়ভাবে মিল খুঁজে বের করার নীতিতে কাজ করে এবং অনুরূপ ক্রমগুলির সংক্ষিপ্ত তালিকা তৈরি করে এবং তার পরে, এটি আশেপাশের মিলগুলি অনুসন্ধান করে।
চিত্র 01: BLAST ফলাফল
এইভাবে, এই সফ্টওয়্যারটি অনুরূপ স্থানীয় অঞ্চলগুলির একটি উচ্চ সংখ্যক অনুসন্ধান করে এবং একটি থ্রেশহোল্ড মান পৌঁছানোর ফলাফল দেয়৷ যাইহোক, এই প্রক্রিয়াটি আগের সফ্টওয়্যার থেকে আলাদা, যা প্রথমে সমগ্র ক্রম অনুসন্ধান করে এবং তারপরে তুলনা করে, এবং তাই অনেক সময় নেয়৷
উপরের সাদৃশ্য পরীক্ষা ছাড়াও, BLAST-এর আরও অনেক ব্যবহার রয়েছে যেমন DNA ম্যাপিং, বিভিন্ন প্রজাতির দুটি অভিন্ন জিনের তুলনা করা, একটি ফাইলোজেনেটিক গাছ তৈরি করা ইত্যাদি।
FastA কি?
FastA হল একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট সফটওয়্যার। ডেভিড জে. লিপম্যান এবং উইলিয়াম আর. পিয়ারসন 1985 সালে এই সফ্টওয়্যারটি বর্ণনা করেছিলেন। যদিও এই সফ্টওয়্যারটির প্রাথমিক ব্যবহার শুধুমাত্র প্রোটিন সিকোয়েন্সের তুলনা করা হয়েছিল, তবে এর পরিবর্তিত সংস্করণটি ডিএনএ সিকোয়েন্সেরও তুলনা করতে সক্ষম হয়েছিল।এখানে, এই সফ্টওয়্যারটি পরিসংখ্যানগতভাবে দুটি সিকোয়েন্সের মধ্যে মিল খুঁজে বের করার নীতি ব্যবহার করে। এটি স্থানীয় সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট পদ্ধতিতে ডিএনএ বা প্রোটিনের একটি সিকোয়েন্সের সাথে অন্য সিকোয়েন্সের সাথে মিলে যায়।
চিত্র 02: FastA
তবে, এটি মিলের জন্য স্থানীয় অঞ্চলগুলি অনুসন্ধান করে, তবে দুটি ক্রমগুলির মধ্যে সেরা মিল নয়৷ যেহেতু এই সফ্টওয়্যারটি মাঝে মাঝে স্থানীয় সাদৃশ্যগুলির তুলনা করে, তাই এটি অমিলের সাথেও আসতে পারে। একটি ক্রমানুসারে, ফাস্টএ একটি ছোট অংশ নেয় যা কে-টুপলস নামে পরিচিত, যেখানে টিপলগুলি 1 থেকে 6 পর্যন্ত হতে পারে এবং অন্য ক্রমটির k-টুপলগুলির সাথে মেলে। ম্যাচিং প্রক্রিয়ার শেষে, যখন এটি একটি থ্রেশহোল্ড মান পৌঁছায়, এটি ফলাফল তৈরি করে।
BLAST এবং FastA-এর মধ্যে মিল কী?
- ব্লাস্ট এবং ফাস্টএ হল বায়োইনফরমেটিক্স টুল যা প্রোটিন এবং ডিএনএ সিকোয়েন্সের মিলের তুলনা করতে ব্যবহৃত হয়।
- এছাড়াও, উভয় প্রোগ্রামই সিকোয়েন্সের মধ্যে তুলনা করার জন্য একটি স্কোরিং কৌশল ব্যবহার করে।
- এছাড়াও, উভয় সরঞ্জামই অত্যন্ত নির্ভুল ফলাফল দেয়৷
BLAST এবং FastA-এর মধ্যে পার্থক্য কী?
BLAST হল জৈবিক ক্রমগুলির মধ্যে মিল পরীক্ষা করার একটি টুল। অন্যদিকে, ফাস্টএ হ'ল আরেকটি প্রোগ্রাম যা প্রোটিন এবং ডিএনএ সিকোয়েন্সের সাদৃশ্য পরীক্ষাকে সহজতর করে। যাইহোক, FastA এর তুলনায়, BLAST সফ্টওয়্যারটি খুব জনপ্রিয় কারণ এটি আরও সঠিক এবং দ্রুত ফলাফল দেয়। সুতরাং, এটি BLAST এবং FastA এর মধ্যে পার্থক্য। উপরন্তু, FastA এর বিপরীতে, BLAST প্রোগ্রামটি ব্যবহারকারীর প্রয়োজন অনুযায়ী পরিবর্তনযোগ্য। অতএব, এটি BLAST এবং FastA-এর মধ্যে আরেকটি পার্থক্য।
BLAST এবং FastA-এর মধ্যে পার্থক্য সম্পর্কে নীচের ইনফোগ্রাফিক আরও বিশদ প্রদান করে৷
সারাংশ – ব্লাস্ট বনাম ফাস্টএ
BLAST এবং FastA হল দুটি প্রোগ্রাম যা ব্যবহারকারীকে তার ক্যোয়ারী সিকোয়েন্সের সাথে বিদ্যমান ডাটাবেসের সিকোয়েন্সের সাথে তুলনা করতে এবং মিলগুলো পরীক্ষা করতে দেয়। ফাস্টএ-এর প্রাথমিক উদ্দেশ্য ছিল শুধুমাত্র প্রোটিন সিকোয়েন্সের তুলনা করা। কিন্তু, এই সফ্টওয়্যারটির পরিবর্তিত সংস্করণ প্রোটিন এবং ডিএনএ সিকোয়েন্সের তুলনা উভয়কেই সহজতর করে। যদিও ফাস্টএ একটি ভাল সফ্টওয়্যার, বেশিরভাগ লোকেরা BLAST অ্যালাইনমেন্ট টুল ব্যবহার করে কারণ এটি আরও জনপ্রিয় এবং FastA এর চেয়ে আরও সঠিক এবং দ্রুত ফলাফল দেয়। এছাড়াও, BLAST টুল ব্যবহারকারীর প্রয়োজনীয়তা অনুযায়ী পরিবর্তনযোগ্য। সংক্ষেপে, এটি BLAST এবং FastA-এর মধ্যে পার্থক্যকে সংক্ষিপ্ত করে।
