FASTA এবং FASTQ-এর মধ্যে মূল পার্থক্য হল FASTA হল একটি পাঠ্য-ভিত্তিক বিন্যাস যা শুধুমাত্র নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করে, যখন FASTQ হল একটি পাঠ্য-ভিত্তিক বিন্যাস যা ক্রম এবং সংশ্লিষ্ট ক্রম উভয় গুণমানের মান সঞ্চয় করে।
বায়োইনফরমেটিক্স এমন একটি ক্ষেত্র যা জৈবিক ডেটা বিশ্লেষণ এবং বোঝার জন্য বিভিন্ন সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে, বিশেষ করে যখন ডেটার সেট জটিল এবং বড় হয়। এই ক্ষেত্রটি জীববিজ্ঞান, রসায়ন, পদার্থবিদ্যা, কম্পিউটার বিজ্ঞান, তথ্য প্রকৌশল, গণিত এবং পরিসংখ্যানকে জৈবিক ডেটা বিশ্লেষণ এবং ব্যাখ্যা করার জন্য একত্রিত করে। FASTA এবং FASTQ হল দুটি সিকোয়েন্স রিপ্রেজেন্টেশন ফরম্যাট বায়োইনফরমেটিক্সের ক্ষেত্রে সিকোয়েন্সগুলিকে সারিবদ্ধ এবং বিশ্লেষণ করার জন্য।প্রকৃতপক্ষে, FASTQ হল একটি সিকোয়েন্স ফাইল ফরম্যাট যা FASTA ফরম্যাটকে সিকোয়েন্স কোয়ালিটি স্টোর করার ক্ষমতা সহ প্রসারিত করে।
FASTA কি?
FASTA হল DNA এবং প্রোটিন সিকোয়েন্সের জন্য একটি অ্যালাইনমেন্ট সফটওয়্যার। FASTA সফ্টওয়্যার FASTA ফর্ম্যাট ব্যবহার করে। এটি একটি টেক্সট-ভিত্তিক বিন্যাস যা হয় নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স বা অ্যামিনো অ্যাসিড (প্রোটিন) সিকোয়েন্সের প্রতিনিধিত্ব করে। এখানে, একক অক্ষর কোড এই উভয় ক্রম প্রতিনিধিত্ব করে। বায়োইনফরমেটিক্স এবং বায়োকেমিস্ট্রির ক্ষেত্রে ফাস্টা একটি গুরুত্বপূর্ণ হাতিয়ার। এই বিন্যাসটি অনুক্রমের আগে ক্রম নাম এবং মন্তব্যের অনুমতি দেয়।
চিত্র 01: ফাস্টা সিকোয়েন্স
এই ফর্ম্যাটটি FASTA সফ্টওয়্যার থেকে উদ্ভূত হয়েছিল এবং 1985 সালে ডেভিড জে. লিপম্যান এবং উইলিয়াম আর. পিয়ারসন দ্বারা প্রবর্তন করা হয়েছিল৷ সময়ের সাথে সাথে FASTA টুলটিতে অনেক পরিবর্তন হয়েছে, এবং সর্বশেষ সংস্করণে প্রোটিন: প্রোটিন, ডিএনএ প্রোগ্রামগুলি রয়েছে:ডিএনএ, প্রোটিন:অনুবাদিত ডিএনএ (ফ্রেমশিফ্ট সহ) এবং অর্ডার করা বা ক্রমহীন পেপটাইড অনুসন্ধান।FASTA একটি প্রদত্ত নিউক্লিওটাইড বা অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স পড়ে এবং অনুরূপ ডাটাবেস সিকোয়েন্সের মিল খুঁজে পেতে স্থানীয় সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট ব্যবহার করে সংশ্লিষ্ট সিকোয়েন্স ডাটাবেস খোঁজে।
FASTQ কি?
FASTQ হল বায়োইনফরমেটিক্সের ক্ষেত্রে ব্যবহৃত একটি অ্যালাইনমেন্ট সফ্টওয়্যার, যা একটি জৈবিক ক্রম (সাধারণত নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স) এবং এর সংশ্লিষ্ট মানের স্কোর উভয়ই সঞ্চয় করে। FASTQ মূলত ওয়েলকাম ট্রাস্ট স্যাঞ্জার ইনস্টিটিউট দ্বারা একটি FASTA ফর্ম্যাট করা সিকোয়েন্স এবং সম্পর্কিত মানের ডেটা বান্ডিল করার জন্য তৈরি করা হয়েছিল। বায়োইনফরমেটিক্সের ক্ষেত্রে উন্নয়নের সাথে সাথে, FASTQ অনেক উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং যন্ত্রের আউটপুট সংরক্ষণের জন্য প্রকৃত মান হয়ে উঠেছে।
FASTQ ফরম্যাট প্রতি ক্রমানুসারে চারটি ভিন্ন লাইন ব্যবহার করে। লাইন 1 @ অক্ষর দিয়ে শুরু হয় এবং একটি ক্রম শনাক্তকারী (একটি FASTA শিরোনাম লাইনের অনুরূপ) দ্বারা অনুসরণ করা হয়। লাইন 2 কাঁচা ক্রম অক্ষর গঠিত. লাইন 3-এ, ক্রমটি একটি '+' অক্ষর দিয়ে শুরু হয় এবং ঐচ্ছিকভাবে একই ক্রম শনাক্তকারী দ্বারা অনুসরণ করা হয়।লাইন 4 লাইন 2 এ অনুক্রমের জন্য গুণমানের মানগুলিকে এনকোড করে এবং অনুক্রমের অক্ষরগুলির মতো একই সংখ্যক চিহ্ন থাকা উচিত৷
FASTA এবং FASTQ-এর মধ্যে মিল কী?
- FASTA এবং FASTQ হল অ্যালাইনমেন্ট টুল৷
- এগুলি দুটি ক্রম উপস্থাপনা বিন্যাস৷
- দুটিই বায়োইনফরমেটিক্স ক্ষেত্রের সাথে সম্পর্কিত।
- FAST এবং FASTQ উভয়ই স্টোরেজ এবং সিকোয়েন্সিং উদ্দেশ্যে গুরুত্বপূর্ণ টুল।
- FASTQ হল FASTA ফর্ম্যাটের একটি এক্সটেনশন যার ক্রম গুণমান সংরক্ষণ করার ক্ষমতা রয়েছে৷
FASTA এবং FASTQ-এর মধ্যে পার্থক্য কী?
FASTA হল একটি টেক্সট-ভিত্তিক ফর্ম্যাট যা শুধুমাত্র নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন সিকোয়েন্স সংরক্ষণ করে, যখন FASTQ হল একটি টেক্সট-ভিত্তিক ফর্ম্যাট যা সিকোয়েন্স এবং সংশ্লিষ্ট সিকোয়েন্স মানের মান উভয়ই সঞ্চয় করে। সুতরাং, এটি FASTA এবং FASTQ এর মধ্যে মূল পার্থক্য। তাছাড়া, FASTA ম্যাপ করার পর সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্ট সঞ্চয় করে, যখন FASTQ ম্যাপ করার আগে সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্ট সঞ্চয় করে।এছাড়াও, FASTA এবং FASTQ-এর মধ্যে আরেকটি পার্থক্য হল FASTA একটি বর্ণনা লাইন নিয়ে গঠিত এবং FASTAQ চারটি লাইন নিয়ে গঠিত।
নীচের ইনফোগ্রাফিকটি পাশাপাশি তুলনা করার জন্য সারণী আকারে FASTA এবং FASTQ-এর মধ্যে পার্থক্য উপস্থাপন করে৷
সারাংশ – FASTA বনাম FASTQ
বায়োইনফরম্যাটিক্স ক্রমগুলির বিভিন্ন বিন্যাস যেমন FASTA এবং FASTQ ইত্যাদি ব্যবহার করে। FASTA ম্যাপ করার পরে অনুক্রমের খণ্ডগুলি সঞ্চয় করে যখন FASTQ ম্যাপিংয়ের আগে অনুক্রমের খণ্ডগুলি সংরক্ষণ করে। FASTA হল DNA এবং প্রোটিন সিকোয়েন্সের জন্য একটি অ্যালাইনমেন্ট সফটওয়্যার। এটি প্রোটিনের জন্য প্রোগ্রামগুলি নিয়ে গঠিত:প্রোটিন, ডিএনএ:ডিএনএ, প্রোটিন:অনুবাদিত ডিএনএ (ফ্রেমশিফ্ট সহ), এবং অর্ডার করা বা ক্রমহীন পেপটাইড অনুসন্ধান। FASTQ হল একটি সারিবদ্ধ সফ্টওয়্যার যা বায়োইনফরমেটিক্সের ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয় এবং এটি একটি জৈবিক ক্রম (সাধারণত নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স) এবং এর সংশ্লিষ্ট মানের স্কোর উভয়ই সঞ্চয় করে। FASTA একটি বর্ণনা লাইন নিয়ে গঠিত, এবং FASTQ চারটি লাইন নিয়ে গঠিত। সুতরাং, এটি FASTA এবং FASTQ-এর মধ্যে পার্থক্যকে সংক্ষিপ্ত করে।
