dNTP এবং ddNTP-এর মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে dNTP বা ডিঅক্সিরাইবোনিউক্লিওটাইডগুলি হল DNA এর বিল্ডিং ব্লক এবং পেন্টোজ চিনির কাঠামোতে একটি 3ʹ-OH গ্রুপ রয়েছে যখন ddNTP বা ডিডিঅক্সিনিউক্লিওসাইড ট্রাইফসফেটগুলি হল নিউক্লিওটাইড যার 3ʹ-OH গ্রুপ নেই বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের ডিএনএ সিকোয়েন্স তৈরি করতে সেঞ্জার ডিডিঅক্সি ডিএনএ সিকোয়েন্সিং কৌশলে ব্যবহার করা হয়।
dNTP এবং ddNTP হল নিউক্লিওটাইড। dNTP বলতে ডিঅক্সিরাইবোজ নিউক্লিওটাইড বোঝায়। তারা ডিএনএর বিল্ডিং ব্লক। dNTPs DNA সংশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়। dNTP, অন্যদিকে, ডিডিঅক্সিনিউক্লিওসাইড ট্রাইফসফেটসকে বোঝায়। এগুলি বিভিন্ন দৈর্ঘ্যে ডিএনএ সংশ্লেষণ বন্ধ করতে সেঞ্জার সিকোয়েন্সিংয়ে ব্যবহৃত হয়।তাদের 3ʹ অবস্থানে OH গ্রুপের অভাব রয়েছে। একটি হাইড্রোজেন OH গ্রুপের পরিবর্তে 3ʹ অবস্থানে উপস্থিত রয়েছে। অতএব, ddNTPs পরবর্তী নিউক্লিওটাইডের সাথে একটি ফসফোডিস্টার বন্ড গঠন করতে অক্ষম। dNTP DNA এর সংশ্লেষণ করতে সক্ষম, অন্যদিকে ddNTP DNA এর পলিমারাইজেশন শেষ করতে সক্ষম।
dNTP কি?
dNTP মানে ডিঅক্সিরাইবোজ নিউক্লিওটাইড বা ডিঅক্সিরাইবোনিউক্লিওটাইড। এটি ডিএনএর বিল্ডিং ব্লক। চার ধরনের dNTP আছে। তারা হল dATP, dTTP, dCTP এবং dGTP। পিউরিন বা পাইরিমিডিন নাইট্রোজেনাস বেস অনুসারে তাদের নামকরণ করা হয়েছে: অ্যাডেনিন (এ), গুয়ানিন (জি), থাইমিন (টি) এবং সাইটোসিন (সি)।
চিত্র 01: dNTP
এডেনাইন এবং গুয়ানিন হল পিউরিন বেস যেখানে থাইমিন এবং সাইটোসিন হল পাইরিমিডিন বেস। dNTP এর পেন্টোজ চিনি হল ডিঅক্সিরিবোজ।এছাড়াও একটি ফসফেট গ্রুপ আছে। অতএব, dNTP তিনটি উপাদানের সমন্বয়ে গঠিত: একটি নাইট্রোজেনাস বেস, ডিঅক্সিরাইবোজ চিনি এবং একটি ফসফেট গ্রুপ। এই dNTPগুলি ফসফোডিস্টার বন্ডের মাধ্যমে একে অপরের সাথে একত্রিত হয়। dNTPs-এ, পেন্টোজ চিনির অবস্থান 3ʹ এর সাথে সংযুক্ত একটি OH গ্রুপ রয়েছে যা পরবর্তী নিউক্লিওটাইডের চিনির 5ʹ কার্বনের সাথে যুক্ত ফসফেট গ্রুপের সাথে একটি লিঙ্ক তৈরি করতে প্রয়োজন। যেহেতু সমস্ত dNTP-এর এই 3ʹ -OH গ্রুপ রয়েছে, তাই তারা ডিএনএ স্ট্র্যান্ডগুলি সংশ্লেষিত এবং প্রসারিত করতে সক্ষম। তাই, dNTP ডিএনএ এবং জিনের রাসায়নিক পদার্থের মৌলিক পুনরাবৃত্তি ইউনিট হিসাবে কাজ করে। DNA এর সংশ্লেষণ সর্বদা 5ʹ থেকে 3ʹ পর্যন্ত হয়।
DdNTP কি?
স্যাঙ্গার সিকোয়েন্সিং হল একটি প্রথম প্রজন্মের ডিএনএ সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি যা ফ্রেডরিক স্যাঙ্গার এবং তার কলেজগুলি 1977 সালে তৈরি করেছিল। এটি চেইন টার্মিনেশন সিকোয়েন্সিং বা ডাইডোক্সি সিকোয়েন্সিং নামেও পরিচিত কারণ এই পদ্ধতির মূল নীতি হল ডাইঅক্সিনিউক্লিওসাইড ট্রাইফসফেট ব্যবহার করে চেইন টার্মিনেশন। (ddNTPs)। ডিডিএনটিপিগুলি হল নিউক্লিওটাইড যা সেঞ্জার সিকোয়েন্সিংয়ে ব্যবহৃত হয়।স্যাঞ্জার সিকোয়েন্সিং ইন ভিট্রো ডিএনএ প্রতিলিপির সময় ddNTPs-এর নির্বাচনী সংযোজন এবং DNA সংশ্লেষণের সমাপ্তির উপর ভিত্তি করে। ddNTPs-এর বিশেষত্ব হল যে তাদের পেন্টোজ চিনিতে 3ʹ-OH গ্রুপের অভাব রয়েছে যাতে সংলগ্ন নিউক্লিওটাইডে 5ʹ ফসফেট গ্রুপের মধ্যে ফসফোডিস্টার বন্ড গঠন অব্যাহত থাকে। তাই, একবার প্রসারিত স্ট্র্যান্ডের সাথে একটি ddNTP সংযুক্ত করা হলে, চেইন প্রসারিত হওয়া বন্ধ হয়ে যায় এবং সেই বিন্দু থেকে শেষ হয়। ddNTPs সেঞ্জার সিকোয়েন্সিং পদ্ধতিতে ডিএনএ পলিমারেজের চেইন-লম্বক ইনহিবিটর হিসেবে কাজ করে।
চিত্র 02: ddNTP
চারটি ddNTP আছে: ddATP, ddCTP, ddGTP এবং ddTTP সেঞ্জার সিকোয়েন্সিংয়ে ব্যবহৃত হয়। এই নিউক্লিওটাইডগুলি ডিএনএ প্রতিলিপি প্রক্রিয়া বন্ধ করে যখন তারা ডিএনএর ক্রমবর্ধমান স্ট্র্যান্ডে একত্রিত হয়। ফলস্বরূপ, সেঞ্জার সিকোয়েন্সিং বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের ছোট ডিএনএ তৈরি করে।ক্যাপিলারি জেল ইলেক্ট্রোফোরসিস এই ছোট ডিএনএ স্ট্র্যান্ডগুলিকে জেলে তাদের আকার অনুসারে সংগঠিত করতে ব্যবহৃত হয়। ডিএনএ সিকোয়েন্স বিশ্লেষণের সুবিধার জন্য ডিডিএনটিপিগুলিকে তেজস্ক্রিয়ভাবে বা ফ্লুরোসেন্টভাবে বিভিন্ন রং দিয়ে লেবেল করা হয়। জেলটি বিশ্লেষণ করে, অজানা ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের নিউক্লিওটাইড ক্রম নির্ধারণ করা যেতে পারে।
dNTP এবং DdNTP-এর মধ্যে মিল কী?
- সানগার সিকোয়েন্সিংয়ে dNTP এবং ddNTP উভয়ই ব্যবহৃত হয়।
- 4 প্রকার dNTPs এবং ddNTPs।
- এরা তিনটি উপাদান নিয়ে গঠিত: একটি নাইট্রোজেনাস বেস, ডিঅক্সিরাইবোজ চিনি এবং ফসফেট গ্রুপ।
dNTP এবং DdNTP-এর মধ্যে পার্থক্য কী?
dNTP হল চার ধরনের ডিঅক্সিরাইবোনিউক্লিওটাইডের মধ্যে একটি যা ডিএনএ-এর বিল্ডিং ব্লক। ডিডিএনটিপি হল সেঞ্জার সিকোয়েন্সিং কৌশলে ব্যবহৃত চার ধরনের ডিডিঅক্সিরাইবোনিউক্লিওসাইড ট্রাইফসফেটগুলির মধ্যে একটি। dNTP-এর পেন্টোজ চিনিতে একটি 3ʹ-OH গ্রুপ রয়েছে যখন ddNTP-এর পেন্টোজ চিনিতে 3ʹ-OH গ্রুপ নেই।সুতরাং, এটি dNTP এবং ddNTP এর মধ্যে মূল পার্থক্য। অধিকন্তু, ডিএনটিপিগুলি ডিএনএ পলিমারাইজেশন পরিচালনা করে যখন ডিডিএনটিপিগুলি ডিএনএ পলিমারাইজেশন বন্ধ করে। সুতরাং, এটি dNTP এবং ddNTP এর মধ্যে আরেকটি প্রধান পার্থক্য।
নীচের ইনফোগ্রাফিকটি সারণী আকারে dNTP এবং ddNTP-এর মধ্যে পার্থক্যগুলি তালিকাভুক্ত করে৷
সারাংশ – dNTP বনাম DdNTP
স্বাভাবিক dNTPs হল DNA-এর বিল্ডিং ব্লক যখন ddNTP হল সেঞ্জার সিকোয়েন্সিং কৌশলে ব্যবহৃত নিউক্লিওটাইড। dNTP-এর 3ʹ-OH আছে যখন ddNTP-এর 3ʹ-OH নেই। সুতরাং, এটি dNTP এবং ddNTP এর মধ্যে মূল পার্থক্য। তাছাড়া, dNTP একটি DNA স্ট্র্যান্ডকে সংশ্লেষ করতে পারে যখন ddNTP DNA পলিমারাইজেশনকে শেষ করতে পারে। অতএব, বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের সাথে বিভিন্ন ডিএনএ স্ট্র্যান্ড তৈরি করার জন্য সেঞ্জার সিকোয়েন্সিং-এ ddNTP ব্যবহার করা হয়। সেঞ্জার সিকোয়েন্সিংয়ের সময়, ডিএনটিপি এবং ডিডিএনটিপি উভয়ই অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।
