কন্টিগ এবং স্ক্যাফোল্ডের মধ্যে মূল পার্থক্য হল একটি কন্টিগ-এ ফাঁক থাকে না যখন একটি স্ক্যাফোল্ডে কন্টিগ এবং ফাঁক থাকে।
এককোষী জীবের সিকোয়েন্সিংয়ের তুলনায় বহুকোষী জীবের জিনোম সিকোয়েন্সিং খুবই কঠিন। পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিং হল বহুকোষী জিনোমের জন্য একটি সহজ এবং দ্রুত জিনোম সিকোয়েন্সিং কৌশল। এটি এমন একটি পদ্ধতি যা সমান্তরালভাবে বহু ওভারল্যাপিং ডিএনএ খণ্ডকে সিকোয়েন্স করে। এই পদ্ধতিতে, কম্পিউটার ব্যবহার করে ছোট খণ্ডগুলিকে বৃহত্তর খণ্ডে এবং তারপরে বৃহত্তর কনটিগগুলিতে একত্রিত করা হয়। তারপর কনটিগগুলি ভারাগুলিতে এবং অবশেষে একটি ক্রোমোজোমে একত্রিত হয়। অতএব, কন্টিগ হল নিউক্লিওটাইড ক্রমগুলির একটি অবিচ্ছিন্ন প্রসারিত যখন স্ক্যাফোল্ড হল জিনোমের একটি অংশ যা কন্টিগ এবং ফাঁক নিয়ে গঠিত।কনটিগ এবং স্ক্যাফোল্ড উভয়ই পুনর্গঠিত জিনোমিক সিকোয়েন্স।
Contig কি?
Contig একটি জিনোমিক ক্রম। এটি A, C, G এবং T বেস দ্বারা গঠিত ক্রমাগত প্রসারিত ক্রম। এটি ডিএনএ-এর বেশ কয়েকটি ওভারল্যাপিং বিটকে একটি দীর্ঘ ক্রমানুসারে একত্রিত করে গঠিত হয়। সহজ কথায়, কন্টিগ হল সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্টের একটি সেটের সমাবেশ। Contig সৃষ্টিতে স্থানীয় স্ট্রিং ম্যাচিং এবং অ্যালাইনমেন্ট পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে ওভারল্যাপিং সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্টের সনাক্তকরণ জড়িত যা সিকোয়েন্সের ওভারল্যাপিং প্রান্তগুলি সনাক্ত করে৷
Contigs এর ফাঁক নেই। এটি একটি স্ক্যাফোল্ডের একটি অংশ। স্ক্যাফোল্ড তৈরি করার সময় কনটিগগুলিকে একত্রে বেঁধে রাখা হয়। এটির জন্য জিনোমে কনটিগগুলির আপেক্ষিক অবস্থান এবং অভিযোজন সম্পর্কে অতিরিক্ত তথ্য প্রয়োজন। ফাঁক একটি ভারা মধ্যে পৃথক contigs.মূলত, কনটিগ সমাবেশ পুরো-জিনোম শটগান সিকোয়েন্সিংয়ের একটি গুরুত্বপূর্ণ পদক্ষেপ। কনটিগগুলি শেষ পর্যন্ত একটি সম্পূর্ণ জিনোমিক ক্রমানুসারে একত্রিত হয়। Contig সমাবেশের জন্য সাধারণত স্ট্রিং ম্যাচিং এবং সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্টের অ্যালগরিদম বোঝার প্রয়োজন হয়৷
ভারা কি?
এ স্ক্যাফোল্ড হল শেষ-সিকোয়েন্সড পুরো-জিনোম শটগান ক্লোন থেকে একটি পুনর্গঠিত জিনোমিক ক্রম। কাঠামোগতভাবে, একটি স্ক্যাফোল্ড কনটিগ এবং ফাঁক নিয়ে গঠিত। অতএব, স্ক্যাফোল্ডগুলি কন্টিগকে একত্রে চেইন করে এবং ফাঁক দিয়ে আলাদা করে তৈরি করা হয়। স্ক্যাফোল্ড তৈরির জন্য জিনোমে কন্টিগগুলির আপেক্ষিক অবস্থান এবং অভিযোজন সম্পর্কিত তথ্য প্রয়োজন। পুরো-জিনোম শটগান সমাবেশের লক্ষ্য প্রতিটি জিনোমিক ক্রমকে একটি স্ক্যাফোল্ডে উপস্থাপন করা। কিন্তু, এটা পুরোপুরি সম্ভব নয়। সুতরাং, একটি ক্রোমোজোম বিভিন্ন ভারা দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা যেতে পারে। কখনও কখনও scaffolds ওভারল্যাপ করতে পারেন. তাছাড়া, সমাবেশের সময় কিছু ভারা ফিল্টার করা যেতে পারে।
চিত্র 02: পুরো-জিনোম শটগান সমাবেশের ওভারভিউ
একটি ভারা ফাঁকের দৈর্ঘ্য তার প্রকৃত দৈর্ঘ্য দেখায় না। সাধারণত, ফাঁকগুলি নির্বিচারে নির্দিষ্ট নির্দিষ্ট দৈর্ঘ্যে সেট করা হয়। তাই, এই ফাঁক এবং তাদের দৈর্ঘ্যের অনিশ্চয়তা জিনোমের কার্যকরী উপাদানগুলির প্রকৃত স্থানিক সম্পর্ক এবং অনুপস্থিত তথ্যের প্রকৃত পরিমাণ বোঝার ক্ষেত্রে সমস্যা তৈরি করে। কখনও কখনও ফাঁকগুলি অনুপস্থিত জিনোমিক তথ্য উপস্থাপন করে৷
কন্টিগ এবং স্ক্যাফোল্ডের মধ্যে মিল কী?
- কন্টিগ এবং স্ক্যাফোল্ড হল জিনোমিক সিকোয়েন্স যা নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের সমন্বয়ে গঠিত।
- স্ক্যাফোল্ডগুলি কনটিগ এবং ফাঁক দিয়ে গঠিত।
কন্টিগ এবং স্ক্যাফোল্ডের মধ্যে পার্থক্য কী?
A contig হল একটি ক্রমাগত সিকোয়েন্স যা সিকোয়েন্স ফ্র্যাগমেন্টের সেট থেকে একত্রিত হয়।বিপরীতে, একটি স্ক্যাফোল্ড হল জিনোমিক সিকোয়েন্সের একটি অংশ যা কনটিগকে একসাথে চেইন করে পুনর্গঠন করা হয়। সুতরাং, এটি কনটিগ এবং স্ক্যাফোল্ডের মধ্যে মূল পার্থক্য। তদুপরি, কন্টিগগুলির ফাঁক থাকে না যখন একটি ভারার কন্টিগগুলি ফাঁক দ্বারা পৃথক করা হয়৷
ইনফোগ্রাফিক সারণীর নীচে কনটিগ এবং স্ক্যাফোল্ডের মধ্যে আরও পার্থক্য রয়েছে৷
সারাংশ – কন্টিগ বনাম স্ক্যাফোল্ড
পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং প্রকল্পে কনটিগ এবং স্ক্যাফোল্ড উভয়ই পুনর্গঠিত নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স। কন্টিগ হল জিনোমিক সিকোয়েন্সের একটি অবিচ্ছিন্ন প্রসারিত যেখানে ফাঁক ছাড়া A, C, G এবং T বেস রয়েছে। স্ক্যাফোল্ড হল একটি জিনোমিক ক্রম যা কনটিগ এবং ফাঁক দিয়ে গঠিত। সুতরাং, সংক্ষিপ্ত সমাবেশ উপাদানগুলি হল কন্টিগ এবং স্ক্যাফোল্ডগুলি হল কন্টিগগুলির সমাবেশ। অবশেষে, পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ে স্ক্যাফোল্ডগুলি ক্রোমোজোমে একত্রিত হয়।সুতরাং, এটি কনটিগ এবং স্ক্যাফোল্ডের মধ্যে পার্থক্যকে সংক্ষিপ্ত করে৷
