মূল পার্থক্য - ফরোয়ার্ড বনাম বিপরীত প্রাইমার
পলিমারেজ চেইন রিঅ্যাকশন (PCR) হল একটি DNA পরিবর্ধন পদ্ধতি যা আণবিক জৈবিক প্রয়োগে ব্যবহৃত হয়। এটি একটি সাধারণভাবে ব্যবহৃত কৌশল যা বিশেষভাবে আগ্রহী ডিএনএ সিকোয়েন্সের লক্ষ লক্ষ থেকে বিলিয়ন কপি তৈরি করে। এটি পরীক্ষাগারে সঞ্চালিত একটি ইন ভিট্রো পদ্ধতি। পিসিআর কৌশল সম্পূর্ণরূপে বাণিজ্যিকভাবে উত্পাদিত ডিএনএ পলিমারেজের উপর নির্ভর করে যার নাম টাক পলিমারেজ। এবং এটির জন্য আরও কয়েকটি উপাদান এবং সঠিক তাপমাত্রা রক্ষণাবেক্ষণ প্রয়োজন। একটি গুরুত্বপূর্ণ উপাদান প্রাইমার। প্রাইমার হল ছোট ডিএনএ সিকোয়েন্স যা বিশেষভাবে টার্গেট ডিএনএ সিকোয়েন্সের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।এগুলি সাধারণত 20 নিউক্লিওটাইডের দৈর্ঘ্যের হয়। Taq পলিমারেজ পূর্বে বিদ্যমান নিউক্লিওটাইড ক্রমানুসারে নিউক্লিওটাইড যোগ করাকে অনুঘটক করে। তাই, প্রাইমারগুলিকে নতুন স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণের শুরুর পয়েন্ট হিসাবে পরিবেশন করা হয়। Taq পলিমারেজ শুধুমাত্র 5’ থেকে 3’ দিকে কাজ করে তাই একই 5’ থেকে 3’ দিকে ডিএনএ সংশ্লেষণ ঘটে। যেহেতু ডিএনএ ডাবল স্ট্র্যান্ডেড, তাই পিসিআর-এ দুই ধরনের প্রাইমার প্রয়োজন। এগুলি ফরোয়ার্ড প্রাইমার এবং রিভার্স প্রাইমার নামে পরিচিত। যখন ডিএনএ সংশ্লেষণ ঘটে তখন ডিএনএ-তে প্রাইমারের প্রসারণের দিকটির উপর ভিত্তি করে ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার বলা হয়। প্রাইমার অ্যান্টিসেন্স ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের সাথে অ্যানিল করে এবং 5’ থেকে 3’ দিকে জিনের +ve স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণ শুরু করে। সেন্স স্ট্র্যান্ডের সাথে রিভার্স প্রাইমার অ্যানিলস এবং কোডিং স্ট্র্যান্ডের পরিপূরক স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণ শুরু করে; যা জিনের স্ট্র্যান্ডকে 5’ থেকে 3’ দিকের দিকে নিয়ে যায়। এটি ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমারের মধ্যে মূল পার্থক্য।
ফরোয়ার্ড প্রাইমার কি?
ফরোয়ার্ড ওরিয়েন্টেশন হল কোডিং স্ট্র্যান্ড বা জিনের সেন্স স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণ। Taq পলিমারেজ 5’ থেকে 3’ দিকে একটি নতুন স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণকে অনুঘটক করে। কোডিং স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণ ঘটে যখন প্রাইমার ননকোডিং বা অ্যান্টিসেন্স স্ট্র্যান্ডের সাথে সংযুক্ত হয় এবং 5’ থেকে 3’ দিকে প্রসারিত হয়।
চিত্র 01: ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার
যে প্রাইমারটি অ্যান্টিসেন্স স্ট্র্যান্ড বা ননকোডিং স্ট্র্যান্ড বা টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ডের সাথে সংযুক্ত করে তাকে ফরওয়ার্ড প্রাইমার বলা হয় কারণ ফরোয়ার্ড প্রাইমার কোডিং বা জিনের ইতিবাচক স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণের একটি সূচনা বিন্দু হিসাবে কাজ করে। ফরোয়ার্ড প্রাইমারে একটি সংক্ষিপ্ত নিউক্লিওটাইড ক্রম রয়েছে যা অ্যান্টিসেন্স স্ট্র্যান্ডের 3’ ফ্ল্যাঙ্কিং প্রান্তের পরিপূরক। এটি অ্যান্টিসেন্স স্ট্র্যান্ডের সাথে হাইব্রিডাইজ করে এবং ট্যাক পলিমারেজকে টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ডের পরিপূরক নিউক্লিওটাইড যোগ করতে সহায়তা করে।
রিভার্স প্রাইমার কি?
রিভার্স প্রাইমার হল সংক্ষিপ্ত ডিএনএ সিকোয়েন্স যা সেন্স স্ট্র্যান্ড বা কোডিং স্ট্র্যান্ডের 3’ প্রান্তের সাথে সংযুক্ত করে। বিপরীত প্রাইমার কোডিং সিকোয়েন্স বা ননকোডিং সিকোয়েন্সের একটি পরিপূরক স্ট্র্যান্ড সংশ্লেষিত করার জন্য শুরুর বিন্দু হিসেবে কাজ করে। বিপরীত প্রাইমারটি কোডিং স্ট্র্যান্ডের 3’ প্রান্তের পরিপূরক ডিজাইন করা হয়েছে। তাই, এটি কোডিং স্ট্র্যান্ডের ফ্ল্যাঙ্কিং 3’ প্রান্তের সাথে সংযুক্ত করে এবং Taq পলিমারেজকে অ্যান্টিসেন্স স্ট্র্যান্ড বা টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ডকে সংশ্লেষণ করতে দেয়। যেহেতু এটির স্থিতিবিন্যাস একটি বিপরীত পদ্ধতিতে, এই প্রাইমারটিকে বিপরীত প্রাইমার হিসাবে লেবেল করা হয়েছে৷
উল্টো এবং ফরোয়ার্ড প্রাইমার উভয়ই লক্ষ লক্ষ থেকে বিলিয়ন কপি তৈরির জন্য গুরুত্বপূর্ণ DNA এর নির্দিষ্ট অঞ্চলের লক্ষ্য বা আগ্রহী।
ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমারের মধ্যে মিল কী?
- ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স উভয় প্রাইমার অলিগোনিউক্লিওটাইড থেকে তৈরি।
- ফরওয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার উভয়েরই সংক্ষিপ্ত নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স রয়েছে যা ডিএনএ ডবল স্ট্র্যান্ডের পার্শ্ববর্তী প্রান্তের পরিপূরক।
- ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স উভয় প্রাইমারে সাধারণত ২০টি নিউক্লিওটাইড থাকে।
- পলিমারেজ চেইন বিক্রিয়ায় ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স উভয় প্রাইমার ব্যবহার করা হয়।
- ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার উভয়ই বাণিজ্যিকভাবে সংশ্লেষিত হয়।
- ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স উভয় প্রাইমার তাপমাত্রা স্থিতিশীল এবং তাদের সাধারণত একই রকম Tm থাকে।
- ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার উভয়ই টার্গেট ডিএনএ সিকোয়েন্সের সাথে অ্যানিল করা হয়।
- ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার উভয়ই পিসিআর প্রতিক্রিয়া অনুসারে ডিজাইন করা হয়েছে।
- ফরওয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমার উভয়ই ডিএনএ পরিবর্ধনের জন্য শুরুর পয়েন্ট হিসাবে পরিবেশন করা হয়।
- উল্টো এবং ফরোয়ার্ড প্রাইমার উভয়ই লক্ষ্যযুক্ত বা আগ্রহী ডিএনএ সিকোয়েন্সের নির্দিষ্ট অঞ্চলের মিলিয়ন কপি তৈরির জন্য গুরুত্বপূর্ণ।
ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমারের মধ্যে পার্থক্য কী?
ফরোয়ার্ড প্রাইমার বনাম রিভার্স প্রাইমার |
|
| ফরোয়ার্ড প্রাইমার হল সংক্ষিপ্ত ডিএনএ সিকোয়েন্স যা ননকোডিং এর 3’ প্রান্ত বা জিনের টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ডের সাথে হাইব্রিডাইজ করে এবং কোডিং সিকোয়েন্স সংশ্লেষণের সূচনা বিন্দু হিসাবে কাজ করে। | রিভার্স প্রাইমার হল সংক্ষিপ্ত ডিএনএ সিকোয়েন্স যা কোডিং বা ননটেমপ্লেট স্ট্র্যান্ডের 3’ প্রান্তের সাথে হাইব্রিডাইজ করে এবং ননকোডিং সিকোয়েন্সকে সংশ্লেষিত করার সূচনা বিন্দু হিসেবে কাজ করে। |
| অ্যানিলিং স্ট্র্যান্ড | |
| টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ড সহ প্রাইমার অ্যানিলস ফরওয়ার্ড করুন। | ননটেমপ্লেট স্ট্র্যান্ডের সাথে রিভার্স প্রাইমার অ্যানিলস। |
| ফলাফল নতুন ক্রম | |
| ফরোয়ার্ড প্রাইমার কোডিং সিকোয়েন্সের সংশ্লেষণকে সহজ করে। | রিভার্স প্রাইমার ননকোডিং সিকোয়েন্সের সংশ্লেষণকে সহজতর করে। |
সারাংশ – ফরোয়ার্ড বনাম বিপরীত প্রাইমার
পিসিআর প্রযুক্তিতে দুই ধরনের প্রাইমার জড়িত। তারা এগিয়ে এবং বিপরীত প্রাইমার। নতুন ডিএনএ স্ট্র্যান্ড সংশ্লেষণে প্রাইমারের প্রসারণের উপর ভিত্তি করে, এই প্রাইমারগুলিকে লেবেল বা নামকরণ করা হয়। Taq পলিমারেজ 5’ থেকে 3’ অভিযোজনে নতুন ডিএনএ সংশ্লেষিত করে। তাই, প্রাইমারগুলি ডাবল স্ট্র্যান্ডের 3’ প্রান্তের পরিপূরক হিসাবে ডিজাইন করা হয়েছে। ফরোয়ার্ড প্রাইমার যা 5’ থেকে 3’ দিকে লম্বা হয় অ্যান্টিসেন্স বা টেমপ্লেট বা ননকোডিং সিকোয়েন্সের 3’ প্রান্তের সাথে হাইব্রিডাইজ করে। এটি কোডিং সিকোয়েন্স সংশ্লেষিত করার সূচনা বিন্দু হিসাবে কাজ করে। বিপরীত প্রাইমার যা 5’ থেকে 3’ দিকে লম্বা হয় কোডিং বা ননটেমপ্লেট বা সেন্স স্ট্র্যান্ডের 3’ প্রান্তের সাথে হাইব্রিডাইজ করে।এটি ননকোডিং ক্রম সংশ্লেষিত করার জন্য সূচনা বিন্দু হিসাবে কাজ করে। এটি ফরোয়ার্ড এবং রিভার্স প্রাইমারের মধ্যে পার্থক্য৷
