মূল পার্থক্য - পিসিআর প্রাইমার বনাম সিকোয়েন্সিং প্রাইমার
আণবিক জীববিজ্ঞানের ক্ষেত্রে সাম্প্রতিক উন্নয়নের সাথে, বিভিন্ন জেনেটিক কৌশল তৈরি করা হয়েছিল যা বিষয়ের বিভিন্ন উপায়ের তদন্ত প্রক্রিয়াকে সহজ এবং নির্ভুল করে তুলেছে। পিসিআর এবং অন্যান্য সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি দুটি গুরুত্বপূর্ণ এই ধরনের কৌশল। তারা বিভিন্ন উপ উপাদান ব্যবহার করে। প্রাইমারগুলি পিসিআর এবং সিকোয়েন্সিং কৌশল উভয়েরই সাধারণ উপ-উপাদান হিসাবে বিবেচিত হয়। পিসিআর প্রাইমারগুলি একটি নির্দিষ্ট ডিএনএ সিকোয়েন্সের পরিবর্ধনের জন্য ব্যবহার করা হয় যখন সিকোয়েন্সিং প্রাইমারগুলি একটি ডিএনএ খণ্ডের নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের নির্দিষ্ট ক্রম প্রকাশ করার উদ্দেশ্যে সিকোয়েন্সিং প্রসঙ্গে ব্যবহৃত হয়।এটি হল পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের মধ্যে মূল পার্থক্য৷
PCR প্রাইমার কি?
পলিমারেজ চেইন রিঅ্যাকশন (পিসিআর) হল একটি জেনেটিক কৌশল যা আণবিক জীববিজ্ঞানের ক্ষেত্রে একটি নির্দিষ্ট ডিএনএ অংশের একক বা কয়েকটি অনুলিপি প্রসারিত করতে এবং লক্ষ লক্ষ অভিন্ন অনুলিপি প্রাপ্ত করার জন্য ব্যবহার করা হয়। একটি পিসিআর প্রতিক্রিয়াতে, প্রাইমার সহ বিভিন্ন উপাদান ব্যবহার করা হয়। প্রাইমারগুলি হল ছোট ডিএনএ স্ট্র্যান্ড যার নিউক্লিওটাইড দৈর্ঘ্য 18-25 যা এগুলিকে ডিএনএ খণ্ডের শুরু এবং শেষ অঞ্চলের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ করে তোলে। প্রাইমার একটি ফরোয়ার্ড প্রাইমার এবং রিভার্স প্রাইমার হতে পারে। এই প্রাইমারগুলি নির্দিষ্ট বিন্দুতে ডিএনএ খণ্ডের সাথে আবদ্ধ হয় যেখানে এটি ডিএনএ পলিমারেজকে অবস্থানের নির্দিষ্ট প্রাইমারের সাথে আবদ্ধ করে এবং নতুন ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণ শুরু করে।
প্রাইমার নির্বাচন পিসিআর প্রক্রিয়ার একটি গুরুত্বপূর্ণ দিক। প্রাইমারের দৈর্ঘ্য নির্বাচন করা গুরুত্বপূর্ণ। আদর্শ দৈর্ঘ্য 18-25 নিউক্লিওটাইড হবে।যদি দৈর্ঘ্য খুব ছোট বা খুব দীর্ঘ হয়, তাহলে প্রাইমারগুলি সঠিকভাবে প্রসারিত করার জন্য DNA ক্রমের সাথে আবদ্ধ হবে না। প্রাইমার যেগুলির দৈর্ঘ্য খুব ছোট সেগুলি ডিএনএ সিকোয়েন্সের বিভিন্ন স্থানে অ-নির্দিষ্ট প্রাইমার অ্যানিলিং করে।
চিত্র 01: পিসিআর প্রাইমার
একটি ভাল প্রাইমারে গুয়ানাইন এবং সাইটোসিন (GC) সামগ্রী 40-60 এর মধ্যে হওয়া উচিত। প্রাইমার অ্যানিলিং তাপমাত্রা এবং গলে যাওয়া তাপমাত্রা পিসিআর-এর সময় গুরুত্বপূর্ণ কারণ। গলে যাওয়া তাপমাত্রা সঠিকভাবে গণনা করা উচিত, এবং প্রাইমার অ্যানিলিং তাপমাত্রা গলিত তাপমাত্রার থেকে 5 0C কম হওয়া উচিত। গলে যাওয়া তাপমাত্রা 60 ডিগ্রি সেলসিয়াস এবং 75 ডিগ্রি সেলসিয়াস হওয়া উচিত। খুব বেশি বা খুব কম তাপমাত্রার ফলে কম সক্রিয় DNA পলিমারেজ কার্যকলাপ হবে৷
সিকোয়েন্সিং প্রাইমার কি?
সিকোয়েন্সিং প্রাইমারগুলি একটি ডিএনএ খণ্ডকে তার নির্দিষ্ট পরিচয় প্রকাশ করার উদ্দেশ্যে সিকোয়েন্স করার প্রসঙ্গে ব্যবহৃত হয়। ভাল সিকোয়েন্সিং ফলাফল পেতে উচ্চ মানের প্রাইমার এবং টেমপ্লেট গুরুত্বপূর্ণ। এইভাবে, যখন প্রাইমারগুলি নির্বাচন করা হয়, তখন সেগুলি একটি নির্দিষ্ট অঞ্চলের জন্য অনন্য হওয়া উচিত যেখানে আমরা ক্রম করতে চাই। এটি একটি সঠিক স্থিতিবিন্যাস সহ হওয়া উচিত যেখানে ক্রমগুলি সাধারণত প্রাইমারগুলির 3’ থেকে 5’ প্রান্তে তৈরি হয়। ক্রমটিতে অবাঞ্ছিত স্ব-সংকরায়ন যেমন হেয়ারপিন লুপ গঠনের অভাব থাকা উচিত। এটিতে গুয়ানিনের ঘাঁটিগুলির ধারাবাহিক গঠন থাকা উচিত নয়৷
প্রাইমারের গলে যাওয়া তাপমাত্রা (Tm) অবশ্যই সিকোয়েন্সিংয়ের অবস্থার জন্য উপযুক্ত হতে হবে। অতএব, এটি 52oC এবং 74oC এর মধ্যে থাকা উচিত। প্রাইমার হিসাবে ব্যবহার করার জন্য অলিগোনিউক্লিওটাইডের প্রস্তুতিকে ক্রমটির কাঙ্ক্ষিত পূর্ণ-দৈর্ঘ্য পেতে বিশুদ্ধ করা উচিত। অলিগোনিউক্লিওটাইডে অমেধ্য থাকলে, প্রাইমার সিকোয়েন্স সিগন্যালিং বিভিন্ন প্রাইমিং সাইট থেকে সুপার ইম্পোজ করা হবে এবং এটি বেস সেলের সংখ্যাও কমিয়ে দেবে।
চিত্র 02: সিকোয়েন্সিং প্রাইমার
একটি অলিগোনিউক্লিওটাইডের প্রাইমার গলানোর তাপমাত্রা (Tm) নির্ধারণ করে, পরিপূরক ডিএনএ স্ট্র্যান্ডগুলি একে অপরের সাথে কতটা শক্তিশালী। Tm একটি থার্মোডাইনামিক গণনা হিসাবে বিবেচনা করা যেতে পারে যেখানে এটি উভয় ডিএনএ ক্রম এবং লবণের ঘনত্বের মতো বেশ কয়েকটি শর্তের উপর নির্ভরশীল। পিসিআর-এর সময় টিএম গুরুত্বপূর্ণ যেখানে সাইকেল সিকোয়েন্সিং নামক একটি বৈকল্পিক ডাইঅক্সিনিউক্লিওটাইড-সমাপ্ত টুকরাগুলির একটি গ্রুপ তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়। এখানে, যে প্রাইমারটি সিকোয়েন্স করা হয়েছে তা প্রাথমিকভাবে বিকল্পভাবে অ্যানিল করা হবে, তারপর বর্ধিত করা হবে এবং শেষ পর্যন্ত পরিবর্ধনের জন্য বিকৃত করা হবে। তাই, Tm মান 52oC এবং 74o C এর মধ্যে হওয়া উচিত। সংশ্লেষিত অলিগোনিউক্লিওটাইডগুলি ডিএনএ/আরএনএ সংশ্লেষণ পরীক্ষাগার থেকে প্রাপ্ত করা যেতে পারে। পছন্দডিএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ব্যবহৃত সংশ্লেষণের ছোট স্কেল সাধারণত 50 nmol হয়। এছাড়াও সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণভাবে সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ব্যবহৃত প্রাইমারগুলিকে অমেধ্য মুক্ত করার জন্য বিশুদ্ধ করা উচিত যা গুণমান হ্রাস রোধ করবে।
পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের মধ্যে মিল কী?
- পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমার উভয়ই প্রাইমার যা একটি লক্ষ্যযুক্ত ডিএনএ সিকোয়েন্সের পরিবর্ধন প্রক্রিয়ায় ব্যবহৃত হয়।
- পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমার উভয়ই নিউক্লিওটাইড দ্বারা গঠিত।
- পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমার উভয়ই ছোট অলিগোমার।
পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের মধ্যে পার্থক্য কী?
পিসিআর প্রাইমার বনাম সিকোয়েন্সিং প্রাইমার |
|
| পিসিআর প্রাইমারগুলি হল ছোট ডিএনএ স্ট্র্যান্ড যার নিউক্লিওটাইড ক্রম দৈর্ঘ্য 18-25 যা এগুলিকে ডিএনএ খণ্ডের শুরু এবং শেষ অঞ্চলের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ করে যা প্রশস্ত করা হবে৷ | সিকোয়েন্সিং প্রাইমার হল সংক্ষিপ্ত অলিগোমার যা একটি ডিএনএ খণ্ডকে তার নির্দিষ্ট পরিচয় প্রকাশের উদ্দেশ্যে সিকোয়েন্স করার প্রসঙ্গে ব্যবহৃত হয়। |
| ফাংশন | |
| পিসিআর প্রাইমারগুলি একটি নির্দিষ্ট ডিএনএ সিকোয়েন্সের পরিবর্ধনের জন্য ব্যবহৃত হয়। | সিকোয়েন্সিং প্রাইমারগুলি একটি ডিএনএ খণ্ডকে তার নির্দিষ্ট পরিচয় প্রকাশের অভিপ্রায়ে সিকোয়েন্স করার প্রসঙ্গে ব্যবহার করা হয়৷ |
| প্রাইমারের সংখ্যা প্রয়োজন | |
| দুটি প্রাইমার; একটি ফরোয়ার্ড প্রাইমার এবং একটি বিপরীত প্রাইমার পিসিআর প্রাইমার হিসাবে ব্যবহৃত হয়৷ | সিকোয়েন্সিং প্রাইমার হিসেবে শুধুমাত্র একটি প্রাইমার প্রয়োজন। |
সারাংশ – পিসিআর প্রাইমার বনাম সিকোয়েন্সিং প্রাইমার
সিকোয়েন্সিং প্রাইমারগুলি একটি ডিএনএ খণ্ডকে তার নির্দিষ্ট পরিচয় প্রকাশ করার উদ্দেশ্যে সিকোয়েন্স করার প্রসঙ্গে ব্যবহৃত হয়।একটি সিকোয়েন্সিং প্রাইমার প্রক্রিয়া চালানোর জন্য যথেষ্ট হবে। ভাল সিকোয়েন্সিং ফলাফল পেতে, উচ্চ মানের প্রাইমার এবং টেমপ্লেট গুরুত্বপূর্ণ। এইভাবে, যখন প্রাইমারগুলি নির্বাচন করা হয়, তখন সেগুলি একটি নির্দিষ্ট অঞ্চলের জন্য অনন্য হওয়া উচিত যেখানে আমরা ক্রম করতে চাই। পিসিআর প্রাইমারগুলি হল ছোট ডিএনএ স্ট্র্যান্ড যার নিউক্লিওটাইড দৈর্ঘ্য 18-25 যেটি ডিএনএ টুকরোগুলির শুরু এবং শেষ অঞ্চলের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ যেগুলিকে প্রসারিত করতে হবে। পিসিআর প্রাইমার একটি ফরোয়ার্ড প্রাইমার এবং রিভার্স প্রাইমার হতে পারে। একটি ভাল প্রাইমারে গুয়ানাইন এবং সাইটোসিন (GC) উপাদান 40-60 এর মধ্যে হওয়া উচিত। প্রাইমার অ্যানিলিং তাপমাত্রা এবং গলে যাওয়া তাপমাত্রা পিসিআর-এর সময় গুরুত্বপূর্ণ দিক। এটি হল পিসিআর প্রাইমার এবং সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের মধ্যে পার্থক্য৷
