কী পার্থক্য – নিক ট্রান্সলেশন বনাম প্রাইমার এক্সটেনশন
নিক অনুবাদ এবং প্রাইমার এক্সটেনশন হল দুটি গুরুত্বপূর্ণ কৌশল যা আণবিক জীববিজ্ঞানে সম্পাদিত হয়। নিক ট্রান্সলেশন এবং প্রাইমার এক্সটেনশনের মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে নিক ট্রান্সলেশন প্রক্রিয়া অন্যান্য হাইব্রিডাইজেশন কৌশলগুলির জন্য লেবেলযুক্ত প্রোব তৈরি করে যখন প্রাইমার এক্সটেনশন পদ্ধতি একটি মিশ্রণ থেকে একটি নির্দিষ্ট RNA ক্রম চিহ্নিত করে এবং mRNA এর অভিব্যক্তি সম্পর্কে তথ্য প্রকাশ করে। উভয় কৌশলই অত্যন্ত গুরুত্ব বহন করে এবং নিয়মিতভাবে আণবিক গবেষণা ল্যাবগুলিতে সঞ্চালিত হয়৷
নিক অনুবাদ কি?
নিক অনুবাদ হল একটি গুরুত্বপূর্ণ কৌশল যা বিভিন্ন আণবিক জৈবিক কৌশল যেমন ব্লটিং, ইন সিটু হাইব্রিডাইজেশন, ফ্লুরোসেন্ট ইন সিটু হাইব্রিডাইজেশন ইত্যাদির জন্য লেবেলযুক্ত প্রোব প্রস্তুত করতে ব্যবহৃত হয়।এটি ডিএনএ লেবেলিংয়ের একটি ইন ভিট্রো পদ্ধতি। ডিএনএ প্রোবগুলি নির্দিষ্ট ডিএনএ বা আরএনএ সিকোয়েন্স সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। একটি লেবেলযুক্ত প্রোবের সাহায্যে, নিউক্লিক অ্যাসিডের জটিল মিশ্রণ থেকে নির্দিষ্ট টুকরোগুলি চিহ্নিত বা কল্পনা করা যেতে পারে। অতএব, লেবেলযুক্ত প্রোবগুলি বিভিন্ন কৌশল ব্যবহার করে বিভিন্ন কৌশলের জন্য ব্যবহার করা হয়। নিক ট্রান্সলেশন এমনই একটি পদ্ধতি যা DNase 1 এবং DNA পলিমারেজ 1 এনজাইমের সাহায্যে লেবেলযুক্ত প্রোব তৈরি করে৷
নিক অনুবাদ প্রক্রিয়াটি DNase 1 এনজাইম কার্যকলাপের সাথে শুরু হয়। DNase 1 নিউক্লিওটাইডের মধ্যে ফসফোডিস্টার বন্ধন ছিন্ন করার মাধ্যমে ডবল স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএর ফসফেট ব্যাকবোনে নিকগুলি প্রবর্তন করে। একবার নিকটি বিনামূল্যে তৈরি হলে নিউক্লিওটাইডের 3’ OH গ্রুপ পাওয়া যাবে এবং DNA পলিমারেজ 1 এনজাইম এটিতে কাজ করবে। DNA পলিমারেজ 1 এর 5’ থেকে 3’ এক্সোনিউক্লিজ কার্যকলাপ নিক থেকে ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের 3’ দিকের দিকে নিউক্লিওটাইডগুলি সরিয়ে দেয়। একই সাথে, ডিএনএ পলিমারেজ 1 এনজাইমের পলিমারেজ কার্যকলাপ কাজ করে এবং অপসারণ নিউক্লিওটাইডগুলিকে প্রতিস্থাপন করতে নিউক্লিওটাইড যোগ করে।যদি নিউক্লিওটাইডগুলি লেবেলযুক্ত থাকে, তবে প্রতিস্থাপনটি লেবেলযুক্ত নিউক্লিওটাইড দ্বারা ঘটবে এবং এটি সনাক্তকরণের জন্য ডিএনএ চিহ্নিত করবে। এই নতুন সংশ্লেষিত লেবেলযুক্ত ডিএনএ মলিকুলার বায়োলজিতে বিভিন্ন হাইব্রিডাইজেশন প্রতিক্রিয়ায় প্রোব হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে।
চিত্র 01: নিক অনুবাদ প্রক্রিয়া
প্রাইমার এক্সটেনশন কি?
প্রাইমার এক্সটেনশন হল একটি কৌশল যা একটি RNA মিশ্রণ থেকে নির্দিষ্ট RNA ক্রম খুঁজে বের করতে এবং mRNA ট্রান্সক্রিপ্টের 5’ প্রান্ত সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। এটি আরএনএ এবং এক্সপ্রেশনের গঠন অধ্যয়ন করতেও ব্যবহৃত হয়। প্রাইমার এক্সটেনশন পদ্ধতি লেবেলযুক্ত প্রাইমার বা লেবেলযুক্ত নিউক্লিওটাইডগুলির সাথে সঞ্চালিত হয়। যদি লেবেলযুক্ত প্রাইমারগুলি ব্যবহার করা হয়, তবে এটি সিডিএনএ সংশ্লেষণের জন্য ব্যবহৃত নিউক্লিওটাইডগুলিকে লেবেল করার প্রয়োজনকে বাদ দেয়।এই কৌশলটিতে বেশ কয়েকটি ধাপ রয়েছে। এটি নমুনা থেকে আরএনএ নিষ্কাশনের সাথে শুরু হয়। তারপরে একটি নির্দিষ্ট আরএনএ সিকোয়েন্সের সিডিএনএ সংশ্লেষিত করার জন্য প্রয়োজনীয় উপাদানগুলির সাথে একটি লেবেলযুক্ত অলিগোনিউক্লিওটাইড প্রাইমার মিশ্রণে যোগ করা হয়। মিশ্রণ থেকে পরিপূরক ক্রম সঙ্গে প্রাইমার anneals. টেমপ্লেট হিসাবে প্রাইমার অ্যানিলড সিকোয়েন্স ব্যবহার করে, এনজাইম রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেজ আরএনএ সিকোয়েন্সের পরিপূরক ডিএনএ (সিডিএনএ) সংশ্লেষিত করে। প্রাইমার অ্যানিলিং এবং রিভার্স ট্রান্সক্রিপশন তখনই ঘটে যখন নির্দিষ্ট RNA ক্রম নমুনায় উপস্থিত থাকে। অবশেষে, যখন জেল ইলেক্ট্রোফোরসিস ডিনাচারিং করা হয়, তখন আরএনএ সিকোয়েন্সের আকার নির্ধারণ করা যায়। প্রাইমার এক্সটেনশন পদ্ধতি দ্বারা mRNA (ট্রান্সক্রিপশন ইনিশিয়েশন সাইট) সিকোয়েন্সের +1 বেস খুঁজে পাওয়াও সহজ। অতিরিক্ত প্রাইমার ব্যবহার করা হলে নমুনায় উপস্থিত mRNA-এর পরিমাণ এই পদ্ধতির দ্বারা পরিমাপ করা যেতে পারে।
চিত্র 02: প্রাইমার এক্সটেনশন
নিক অনুবাদ এবং প্রাইমার এক্সটেনশনের মধ্যে পার্থক্য কী?
নিক অনুবাদ বনাম প্রাইমার এক্সটেনশন |
|
| নিক অনুবাদ একটি প্রক্রিয়া যা বিভিন্ন সংকরকরণ প্রতিক্রিয়ার জন্য লেবেলযুক্ত ডিএনএ প্রোব তৈরি করে৷ | প্রাইমার এক্সটেনশন হল একটি কৌশল যা নির্দিষ্ট আরএনএ খুঁজে পেতে বা জিনের অভিব্যক্তি অধ্যয়ন করতে ব্যবহৃত হয়। |
| ব্যবহৃত এনজাইম | |
| DNase 1 এবং DNA পলিমারেজ এনজাইম ব্যবহার করা হয়। | রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেজ এনজাইম ব্যবহার করা হয়। |
| গুরুত্ব | |
| নিক অনুবাদ নির্দিষ্ট ডিএনএ সিকোয়েন্স চিহ্নিত করার সুবিধা দেয়। | প্রাইমার এক্সটেনশন নির্দিষ্ট mRNA ক্রম আকার এবং নমুনায় উপস্থিত পরিমাণ সনাক্ত করতে সক্ষম করে৷ |
সারাংশ – নিক ট্রান্সলেশন বনাম প্রাইমার এক্সটেনশন
নিক অনুবাদ হল DNase 1 এবং E coli DNA পলিমারেজ 1 এনজাইমের ক্রিয়াকলাপের উপর ভিত্তি করে লেবেলযুক্ত প্রোবগুলিকে সংশ্লেষণ করার জন্য ব্যবহৃত একটি পদ্ধতি। এটি একটি ইন ভিট্রো পদ্ধতি যা বিভিন্ন হাইব্রিডাইজেশন কৌশলের আগে পরীক্ষাগারগুলিতে নিযুক্ত করা হয়। নিক ট্রান্সলেশনের সময়, ডিএনএ পলিমারেজ 1-এর 5’-3’ এক্সোনিউক্লিজ অ্যাক্টিভিটি নিকের আগে নিউক্লিওটাইডগুলিকে সরিয়ে দেয় এবং ডিএনএ পলিমারেজ 1 এর পলিমারেজ অ্যাক্টিভিটি নিকের পিছনে লেবেলযুক্ত নিউক্লিওটাইডগুলির সাথে অপসারিত নিউক্লিওটাইডগুলিকে প্রতিস্থাপন করে। প্রাইমার এক্সটেনশন হল একটি পদ্ধতি যা একটি মিশ্রণ থেকে একটি নির্দিষ্ট আরএনএ ট্রান্সক্রিপ্ট সনাক্ত করতে এবং আরএনএ-এর সুদের আকার এবং পরিমাণ পরিমাপ করতে ব্যবহৃত হয়। এটি নিক অনুবাদ এবং প্রাইমার এক্সটেনশনের মধ্যে পার্থক্য৷
