কী পার্থক্য - মাইক্রোয়ারে বনাম আরএনএ সিকোয়েন্সিং
ট্রান্সক্রিপ্টম এমআরএনএ, আরআরএনএ, টিআরএনএ, অবক্ষয়িত আরএনএ এবং ননডিগ্রেডেড আরএনএ সহ একটি কোষে উপস্থিত আরএনএর সম্পূর্ণ বিষয়বস্তুকে উপস্থাপন করে। কোষের অন্তর্দৃষ্টি বোঝার জন্য প্রোফাইলিং ট্রান্সক্রিপ্টোম একটি গুরুত্বপূর্ণ প্রক্রিয়া। ট্রান্সক্রিপ্টম প্রোফাইলিংয়ের জন্য বেশ কয়েকটি উন্নত পদ্ধতি রয়েছে। মাইক্রোয়ারে এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং হল দুটি ধরণের প্রযুক্তি যা ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ করার জন্য তৈরি করা হয়েছে। মাইক্রোয়ারে এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে মাইক্রোয়ারে লক্ষ্য সিডিএনএ সিকোয়েন্স সহ পূর্বনির্ধারিত লেবেলযুক্ত প্রোবের হাইব্রিডাইজেশন সম্ভাবনার উপর ভিত্তি করে যেখানে আরএনএ সিকোয়েন্সিং উন্নত সিকোয়েন্সিং কৌশল যেমন এনজিএস দ্বারা সিডিএনএ স্ট্র্যান্ডের সরাসরি সিকোয়েন্সিংয়ের উপর ভিত্তি করে।মাইক্রোয়ারে সিকোয়েন্স সম্পর্কে পূর্ব জ্ঞানের সাথে সঞ্চালিত হয় এবং সিকোয়েন্স সম্পর্কে পূর্ব জ্ঞান ছাড়াই RNA সিকোয়েন্সিং করা হয়।
মাইক্রোয়ারে কি?
মাইক্রোয়ারে একটি শক্তিশালী, নির্ভরযোগ্য এবং উচ্চ থ্রুপুট পদ্ধতি যা বিজ্ঞানীদের দ্বারা ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রোফাইলিংয়ের জন্য ব্যবহৃত হয়। এটি ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণের জন্য সবচেয়ে জনপ্রিয় পদ্ধতি। এটি একটি কম খরচের পদ্ধতি, যা হাইব্রিডাইজেশন প্রোবের উপর নির্ভর করে।
কৌশলটি নমুনা থেকে এমআরএনএ নিষ্কাশন এবং মোট আরএনএ থেকে সিডিএনএ লাইব্রেরি নির্মাণের মাধ্যমে শুরু হয়। তারপরে এটি একটি কঠিন পৃষ্ঠে (স্পট ম্যাট্রিক্স) ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত পূর্বনির্ধারিত প্রোবের সাথে মিশ্রিত করা হয়। পরিপূরক ক্রমগুলি মাইক্রোয়ারে লেবেলযুক্ত প্রোবের সাথে হাইব্রিডাইজ করে। তারপর মাইক্রোয়ারে ধুয়ে এবং স্ক্রীন করা হয়, এবং চিত্রটি পরিমাপ করা হয়। আপেক্ষিক এক্সপ্রেশন প্রোফাইল পেতে সংগৃহীত ডেটা বিশ্লেষণ করা উচিত।
মাইক্রোয়ারে প্রোবের তীব্রতা নমুনায় ট্রান্সক্রিপ্টের পরিমাণের সমানুপাতিক বলে ধরে নেওয়া হয়।যাইহোক, কৌশলটির নির্ভুলতা ডিজাইন করা প্রোবের উপর নির্ভর করে, ক্রম সম্পর্কে পূর্ব জ্ঞান এবং হাইব্রিডাইজেশনের জন্য প্রোবের সখ্যতার উপর। তাই মাইক্রোয়ারে প্রযুক্তির সীমাবদ্ধতা রয়েছে। মাইক্রোয়ারে কৌশল কম প্রাচুর্য প্রতিলিপি সঙ্গে সঞ্চালিত করা যাবে না. এটি আইসোফর্মগুলিকে আলাদা করতে এবং জেনেটিক বৈকল্পিক সনাক্ত করতে ব্যর্থ হয়। যেহেতু এই পদ্ধতিটি প্রোবের হাইব্রিডাইজেশনের উপর নির্ভর করে, তাই হাইব্রিডাইজেশন সম্পর্কিত কিছু সমস্যা যেমন ক্রস-হাইব্রিডাইজেশন, নন-স্পেসিফিক হাইব্রিডাইজেশন ইত্যাদি মাইক্রোয়ারে কৌশলে দেখা দেয়।
চিত্র 01: মাইক্রোয়ারে
RNA সিকোয়েন্সিং কি?
RNA শটগান সিকোয়েন্সিং (RNA seq) হল একটি সম্প্রতি উন্নত সম্পূর্ণ ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং কৌশল। এটি ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রোফাইলিংয়ের একটি দ্রুত এবং উচ্চ থ্রুপুট পদ্ধতি। এটি সরাসরি জিনের অভিব্যক্তি পরিমাপ করে এবং ট্রান্সক্রিপ্টোমের গভীর তদন্তের ফলাফল করে।RNA seq পূর্বনির্ধারিত প্রোব বা অনুক্রমের পূর্ব জ্ঞানের উপর নির্ভর করে না। অতএব, RNA seq পদ্ধতিতে উচ্চ সংবেদনশীলতা এবং অভিনব জিন এবং জেনেটিক বৈচিত্র সনাক্ত করার ক্ষমতা রয়েছে।
RNA সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি বিভিন্ন ধাপের মাধ্যমে সম্পাদিত হয়। কোষের মোট RNA অবশ্যই বিচ্ছিন্ন এবং খণ্ডিত হতে হবে। তারপর, বিপরীত ট্রান্সক্রিপ্ট ব্যবহার করে, একটি সিডিএনএ লাইব্রেরি প্রস্তুত করতে হবে। প্রতিটি সিডিএনএ স্ট্র্যান্ড অবশ্যই অ্যাডাপ্টর দিয়ে বাঁধা থাকতে হবে। তারপর ligated টুকরা পরিবর্ধিত এবং শুদ্ধ করা আবশ্যক. অবশেষে একটি NGS পদ্ধতি ব্যবহার করে, cDNA এর সিকোয়েন্সিং করতে হবে।
চিত্র 02: আরএনএ সিকোয়েন্সিং
Microarray এবং RNA সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে পার্থক্য কী?
মাইক্রোয়ারে বনাম আরএনএ সিকোয়েন্সিং |
|
| মাইক্রোয়ারে একটি শক্তিশালী, নির্ভরযোগ্য, উচ্চ থ্রুপুট পদ্ধতি৷ | RNA সিকোয়েন্সিং একটি সঠিক এবং উচ্চ-থ্রুপুট পদ্ধতি৷ |
| খরচ | |
| এটি একটি কম খরচের পদ্ধতি। | এটি একটি ব্যয়বহুল পদ্ধতি। |
| বিপুল সংখ্যক নমুনার বিশ্লেষণ | |
| এটি একই সাথে প্রচুর সংখ্যক নমুনা বিশ্লেষণের সুবিধা দেয়৷ | এটি বিপুল সংখ্যক নমুনা বিশ্লেষণ করতে সহায়তা করে। |
| ডেটা বিশ্লেষণ | |
| ডেটা বিশ্লেষণ জটিল। | এই পদ্ধতিতে আরও ডেটা তৈরি করা হয়; তাই, প্রক্রিয়াটি আরও জটিল৷ |
| ক্রমের পূর্বের জ্ঞান | |
| এই পদ্ধতিটি হাইব্রিডাইজেশন প্রোবের উপর ভিত্তি করে, তাই সিকোয়েন্সের পূর্বে জ্ঞান প্রয়োজন। | এই পদ্ধতিটি পূর্বের ক্রম জ্ঞানের উপর নির্ভর করে না। |
| স্ট্রাকচারাল ভ্যারিয়েশন এবং নভেল জিন | |
| এই পদ্ধতিটি কাঠামোগত ভিন্নতা এবং অভিনব জিন সনাক্ত করতে পারে না। | এই পদ্ধতিটি জিন ফিউজিং, অল্টারনেটিভ স্প্লিসিং এবং নভেল জিনের মতো গঠনগত ভিন্নতা সনাক্ত করতে পারে। |
| সংবেদনশীলতা | |
| এটি আইসোফর্মের অভিব্যক্তিতে পার্থক্য সনাক্ত করতে পারে না, তাই এর সীমিত সংবেদনশীলতা রয়েছে। | এটির উচ্চ সংবেদনশীলতা রয়েছে। |
| ফলাফল | |
| এটি শুধুমাত্র আপেক্ষিক অভিব্যক্তি স্তরের ফলাফল হতে পারে। এটি জিনের অভিব্যক্তির নিখুঁত পরিমাপ দেয় না। | এটি পরম এবং আপেক্ষিক অভিব্যক্তি স্তর দেয়। |
| ডেটা রিঅ্যানালাইসিস | |
| পুনর্বিশ্লেষণ করার জন্য এটি পুনরায় চালানো দরকার। | সিকোয়েন্সিং ডেটা পুনরায় বিশ্লেষণ করা যেতে পারে। |
| নির্দিষ্ট কর্মী এবং পরিকাঠামোর প্রয়োজন | |
| মাইক্রোয়ারের জন্য নির্দিষ্ট পরিকাঠামো এবং কর্মীদের প্রয়োজন নেই৷ | আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় নির্দিষ্ট অবকাঠামো এবং কর্মী। |
| প্রযুক্তিগত সমস্যা | |
| মাইক্রোয়ারে কৌশলে প্রযুক্তিগত সমস্যা রয়েছে যেমন ক্রস-হাইব্রিডাইজেশন, অ-নির্দিষ্ট হাইব্রিডাইজেশন, পৃথক প্রোবের সীমিত সনাক্তকরণ হার ইত্যাদি। | RNA seq কৌশল প্রযুক্তিগত সমস্যাগুলি এড়িয়ে যায় যেমন ক্রস-হাইব্রিডাইজেশন, অ-নির্দিষ্ট হাইব্রিডাইজেশন, পৃথক প্রোবের সীমিত সনাক্তকরণ হার ইত্যাদি। |
| পক্ষপাতি | |
| এটি একটি পক্ষপাতমূলক পদ্ধতি কারণ এটি সংকরায়নের উপর নির্ভর করে। | মাইক্রোয়ারের তুলনায় পক্ষপাত কম৷ |
সারাংশ – মাইক্রোয়ারে বনাম আরএনএ সিকোয়েন্সিং
মাইক্রোয়ারে এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রোফাইলিংয়ের জন্য উন্নত থ্রুপুট প্ল্যাটফর্ম। উভয় পদ্ধতিই ফলাফল তৈরি করে যা জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলের সাথে অত্যন্ত সম্পর্কযুক্ত। যাইহোক, জিন এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণের জন্য মাইক্রোয়ারের তুলনায় আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের সুবিধা রয়েছে। মাইক্রোয়ারের তুলনায় কম প্রাচুর্যের প্রতিলিপি সনাক্তকরণের জন্য আরএনএ সিকোয়েন্সিং একটি আরও সংবেদনশীল পদ্ধতি। আরএনএ সিকোয়েন্সিং আইসোফর্ম এবং জিনের বৈকল্পিক সনাক্তকরণের মধ্যে পার্থক্য করতে সক্ষম করে। যাইহোক, মাইক্রোয়ারে বেশিরভাগ গবেষকদের সাধারণ পছন্দ কারণ আরএনএ সিকোয়েন্সিং ডেটা সঞ্চয় করার চ্যালেঞ্জ এবং জটিল ডেটা বিশ্লেষণ সহ একটি নতুন এবং ব্যয়বহুল কৌশল।
