ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং হল একটি তৃতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং কৌশল যা একটি ডিএনএ অণুর ক্রম সনাক্ত করতে একটি ন্যানোপোর ব্যবহার করে, যখন ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং একটি দ্বিতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং কৌশল যা বিপরীতমুখী ব্যবহার করে একটি DNA অণুর ক্রম শনাক্ত করতে ডাই টার্মিনেটর প্রযুক্তি।
ডিএনএ সিকোয়েন্সিং হল একটি ডিএনএ অণুর সুনির্দিষ্ট নিউক্লিওটাইড বা বেস সিকোয়েন্স নির্ধারণ করা। নিউক্লিক অ্যাসিড ক্রম নির্ধারণের জন্য অনেক দ্রুত পদ্ধতি রয়েছে যা জৈবিক এবং চিকিৎসা গবেষণা আবিষ্কারকে ত্বরান্বিত করে। প্রথম ডিএনএ সিকোয়েন্সিং কৌশলগুলির মধ্যে একটি (স্যাঙ্গার সিকোয়েন্সিং) ফ্রেডরিক স্যাঙ্গার 1975 সালে এমআরসি সেন্টার, কেমব্রিজ, যুক্তরাজ্যে প্রাইমার এক্সটেনশন কৌশল গ্রহণ করে তৈরি করেছিলেন।আজ, বেশিরভাগ দ্রুত ডিএনএ সিকোয়েন্সিং কৌশল দ্বিতীয়-প্রজন্ম (পরবর্তী-প্রজন্ম) এবং তৃতীয়-প্রজন্মের ডিএনএ সিকোয়েন্সিং বিভাগের অন্তর্গত। ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং এমন দুটি নতুন ডিএনএ প্রযুক্তি।
ন্যানোপুর সিকোয়েন্সিং কি?
ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং একটি তৃতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং কৌশল যা একটি ডিএনএ অণুর নিউক্লিক অ্যাসিড ক্রম সনাক্ত করতে একটি প্রোটিন ন্যানোপোর ব্যবহার করে। ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিংয়ে, ন্যানোপোরের মধ্য দিয়ে যাওয়া ডিএনএ তার বর্তমান পরিবর্তন করে। এই পরিবর্তন ডিএনএ সিকোয়েন্সের আকৃতি, আকার এবং দৈর্ঘ্যের উপর নির্ভর করে। ফলাফলের সংকেতটি নির্দিষ্ট ডিএনএ বা আরএনএ সিকোয়েন্স পেতে ডিকোড করা হয়। এই পদ্ধতিতে পরিবর্তিত নিউক্লিওটাইডের প্রয়োজন হয় না এবং এটি বাস্তব সময়ে কার্য সম্পাদন করে।
চিত্র 01: ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং
অক্সফোর্ড ন্যানোপোর টেকনোলজিস একটি জনপ্রিয় কোম্পানি যা অসংখ্য ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ডিভাইস তৈরি করে। বেশিরভাগ অক্সফোর্ড ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ডিভাইসে প্রবাহ কোষ রয়েছে। এই প্রবাহ কোষে অনেকগুলি ক্ষুদ্র ন্যানোপোর রয়েছে যা ইলেক্ট্রো প্রতিরোধী ঝিল্লিতে এমবেড করা আছে। প্রতিটি ন্যানোপোর তার নিজস্ব ইলেক্ট্রোডের সাথে মিলে যায়। এই ইলেক্ট্রোড একটি চ্যানেল এবং একটি সেন্সর চিপের সাথে সংযোগ করে। এই ইলেক্ট্রোড ন্যানোপোরের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত বৈদ্যুতিক প্রবাহ পরিমাপ করে। যখন একটি অণু একটি ন্যানোপোরের মধ্য দিয়ে যায়, তখন তার বর্তমান পরিবর্তন হয় বা ব্যাহত হয়। তদুপরি, এই ব্যাঘাত একটি বৈশিষ্ট্যযুক্ত স্কুইগল তৈরি করে। রিয়েল-টাইমে ডিএনএ বা আরএনএ সিকোয়েন্স নির্ধারণ করতে এই স্কুইগলটি ডিকোড করা হয়।
ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং কি?
ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং হল একটি দ্বিতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং কৌশল যা ডিএনএ অণুর ক্রম শনাক্ত করতে বিপরীতমুখী ডাই টার্মিনেটর প্রযুক্তি ব্যবহার করে। সোলেক্সা কোম্পানি, বর্তমানে ইলুমিনা কোম্পানির একটি অংশ, 1998 সালে প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। এই কোম্পানিটি বিপরীতমুখী ডাই টার্মিনেটর প্রযুক্তি এবং ইঞ্জিনিয়ারড পলিমারেজের উপর ভিত্তি করে এই সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি উদ্ভাবন করেছে।
চিত্র 02: ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং
ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং পদ্ধতিতে, নমুনাটিকে প্রথমে ছোট অংশে বিভক্ত করা হয়। তাই, ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং-এ, শুরুতে 100-150bp শর্ট রিড বা টুকরো তৈরি করা হয়। এই টুকরোগুলিকে তারপর জেনেরিক অ্যাডাপ্টারের সাথে সংযুক্ত করা হয় এবং একটি স্লাইডে সংযুক্ত করা হয়। পিসিআর প্রতিটি খণ্ডকে প্রসারিত করার জন্য করা হয়। এটি একই খণ্ডের অনেক কপি সহ একটি স্পট তৈরি করে। পরে, তারা একক-স্ট্রেন্ডে বিভক্ত হয় এবং সিকোয়েন্সিং সাপেক্ষে। সিকোয়েন্সিং স্লাইডে ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত নিউক্লিওটাইডস, ডিএনএ পলিমারেজ এবং একটি টার্মিনেটর রয়েছে। টার্মিনেটরের কারণে, একটি সময়ে শুধুমাত্র একটি বেস যোগ করা হয়। প্রতিটি চক্র টার্মিনেটর সরানো হয়, এবং এটি সাইটে পরবর্তী বেস যোগ করার অনুমতি দেয়। উপরন্তু, ফ্লুরোসেন্ট সংকেতের উপর ভিত্তি করে, কম্পিউটার প্রতিটি চক্রে যোগ করা বেস সনাক্ত করে।ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি 4 থেকে 56 ঘন্টার মধ্যে সিকোয়েন্স তৈরি করে।
ন্যানোপুর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মিল কী?
- ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং দুটি সিকোয়েন্সিং কৌশল।
- দুটোই দ্রুত এবং নতুন সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি।
- এগুলি ডিএনএ এবং আরএনএ সিকোয়েন্স সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়।
- দুটোরই উচ্চ নির্ভুলতা রয়েছে।
ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে পার্থক্য কী?
ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং একটি তৃতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং কৌশল যা ডিএনএ অণুর ক্রম সনাক্ত করতে একটি ন্যানোপোর ব্যবহার করে। বিপরীতে, ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং হল একটি দ্বিতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং কৌশল যা ডিএনএ অণুর ক্রম শনাক্ত করতে বিপরীতমুখী ডাই টার্মিনেটর প্রযুক্তি ব্যবহার করে। o, এটি ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে মূল পার্থক্য। অধিকন্তু, ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিংয়ের 92-97% নির্ভুলতা রয়েছে, যেখানে ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের 99% নির্ভুলতা রয়েছে।
নিম্নলিখিত ইনফোগ্রাফিকটি ট্যাবুলার আকারে ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে পার্থক্যগুলি তালিকাভুক্ত করে৷
সারাংশ – ন্যানোপুর বনাম ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং
হাই-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং কৌশলগুলির মধ্যে রয়েছে দ্বিতীয়-প্রজন্ম (শর্ট-রিড) এবং তৃতীয়-প্রজন্মের (দীর্ঘ-পঠিত) সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি। ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং হল দুটি নতুন ডিএনএ প্রযুক্তি যা তৃতীয় প্রজন্মের এবং দ্বিতীয় প্রজন্মের (পরবর্তী প্রজন্মের) ডিএনএ সিকোয়েন্সিং বিভাগের অন্তর্গত। ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ডিএনএ অণুর ক্রম সনাক্ত করতে একটি ন্যানোপোর ব্যবহার করে। অন্যদিকে, ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং ডিএনএ অণুর ক্রম সনাক্ত করতে বিপরীতমুখী ডাই টার্মিনেটর প্রযুক্তি ব্যবহার করে। সুতরাং, এটি ন্যানোপোর এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের মধ্যে পার্থক্যের সারাংশ।
