কী পার্থক্য - ব্লান্ট বনাম স্টিকি এন্ড লিগেশন
রেস্ট্রিকশন এন্ডোনিউক্লিস হল নির্দিষ্ট এনজাইম যা ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ (dsDNA) কেটে দেয়। এগুলি আণবিক জীববিজ্ঞানে আণবিক কাঁচি হিসাবেও পরিচিত। সীমাবদ্ধতা এনজাইমগুলি সনাক্তকরণ সাইট হিসাবে পরিচিত dsDNA এর নির্দিষ্ট ছোট ক্রমগুলিকে চিনতে সক্ষম হয় এবং ডবল স্ট্র্যান্ডগুলি খোলার জন্য ফসফোডিস্টার এবং হাইড্রোজেন বন্ড ক্লিভ করে। এই এনজাইমগুলির দ্বারা বিভাজনের ফলে, ডিএনএ খণ্ডগুলি বিভিন্ন ধরণের প্রান্ত যেমন আঠালো প্রান্ত এবং ভোঁতা প্রান্ত দিয়ে তৈরি হয়। ডিএনএ লিগেস হল একটি এনজাইম যা আণবিক জীববিজ্ঞানে নতুন বন্ধন তৈরি করে ডিএনএর দুটি সংলগ্ন স্ট্র্যান্ডে যোগ দিতে ব্যবহৃত হয়।ধাপটি লাইগেশন নামে পরিচিত এবং ডিএনএ এন্ড লিগেটেডের ধরন অনুসারে এগুলিকে ব্লন্ট এন্ড লাইগেশন এবং স্টিকি এন্ড লাইগেশন বলা যেতে পারে। ভোঁতা এবং স্টিকি এন্ড লাইগেশনের মধ্যে মূল পার্থক্য হল DNA খন্ডের মধ্যে ব্লান্ট এন্ড লাইগেশন ঘটে যার দুটি ভোঁতা প্রান্ত থাকে যেখানে স্টিকি এন্ড লাইগেশন 5’ এবং 3’ ওভারহ্যাং এর মধ্যে ঘটে। ব্লন্ট এন্ড লাইগেশনের তুলনায়, স্টিকি এন্ড লাইগেশন আরো দক্ষ এবং স্থিতিশীল।
ব্লান্ট এন্ড লিগেশন কি?
কিছু সীমাবদ্ধ এন্ডোনিউক্লিজ ডিএনএকে বিপরীত ঘাঁটিতে কাটতে পারে এবং ভোঁতা শেষ ডিএনএ টুকরা তৈরি করতে পারে। এই এনজাইমগুলি ব্লন্ট এন্ড কাটার হিসাবে পরিচিত; তারা একক আটকে থাকা ওভারহ্যাঙ্গিং ঘাঁটি না রেখে সরাসরি নিষেধাজ্ঞার সাইটের মাঝখানে চলে যায়। ব্লন্ট এন্ডগুলিকে নন-ওভারহ্যাংিং এন্ড হিসাবেও পরিচিত কারণ তাদের প্রান্তে 3’ এবং 5’ ওভারহ্যাংিং বেস নেই। উভয় স্ট্র্যান্ড বেস জোড়া থেকে ভোঁতা প্রান্তে শেষ হয়। সাধারণ ব্লন্ট এন্ড কাটিং এনজাইম হল EcoRV HaeIII, AluI এবং SmaI।
Blunt end ligation দুটি ভোঁতা প্রান্তের মধ্যে জড়িত। এটা protruding ঘাঁটি একটি ligation নয়. এই লাইগেশন স্টিকি এন্ড লাইগেশনের চেয়ে কম দক্ষ। যাইহোক, কিছু কিছু ক্ষেত্রে, ব্লন্ট এন্ড লাইগেশন স্টিকি এন্ড লাইগেশনের চেয়ে বেশি সুবিধাজনক হয়ে ওঠে, বিশেষ করে যখন পিসিআর প্রোডাক্ট লিগেটিং করে। PCR পণ্য সবসময় ভোঁতা শেষ সঙ্গে উত্পাদিত হয়. ব্লন্ট এন্ড লাইগেশনের জন্য ডিএনএ-তে পরিপূরক প্রান্তের প্রয়োজন হয় না।
চিত্র 01: ইকো আরভি এনজাইম দ্বারা ভোঁতা শেষ উত্পাদন
স্টিকি এন্ড লিগেশন কি?
কিছু নিষেধাজ্ঞার এন্ডোনিউক্লিস ডিএসডিএনএ কাটতে সক্ষম হয়, যার শেষে একক-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ-এর একটি অতিরিক্ত ঝুলে যায়। এই প্রান্তগুলি আঠালো বা ওভারহ্যাংিং প্রান্ত হিসাবে পরিচিত। স্টিকি শেষ বন্ধন দুটি ডিএনএ খণ্ডের মধ্যে ঘটে যা ম্যাচিং ওভারহ্যাং ধারণ করে কারণ স্টিকি প্রান্তগুলি জোড়াবিহীন বেসগুলির সাথে থাকে এবং বন্ধন গঠনের জন্য পরিপূরক ঘাঁটির প্রয়োজন হয়।তাই, ডিএনএ-এর উভয় উৎসের জন্য একই সীমাবদ্ধতা এনজাইম ব্যবহার করা প্রয়োজন যাতে মিলিত লিগেটিং টুকরা তৈরি হয়।
স্টিকি এন্ড লাইগেশন আরও কার্যকরী এবং প্রায়ই ক্লোনিং প্রক্রিয়ায় এটি অত্যন্ত কাম্য। বেশ কয়েকটি সীমাবদ্ধ এনজাইম রয়েছে যা স্টিকি প্রান্ত তৈরি করে। তারা হল EcoRI, BamHI, HindIII ইত্যাদি।
চিত্র 02: Eco RI এনজাইম দ্বারা স্টিকি শেষ উত্পাদন
ব্লান্ট এবং স্টিকি এন্ড লিগেশনের মধ্যে পার্থক্য কী?
ব্লান্ট বনাম স্টিকি এন্ড লিগেশন |
|
| দুটি ভোঁতা শেষ ডিএনএ খণ্ডের মধ্যে ব্লন্ট এন্ড লাইগেশন ঘটে। | আঠালো প্রান্তের সাথে দুটি মিলে যাওয়া DNA খণ্ডের মধ্যে স্টিকি শেষ বন্ধন ঘটে। |
| এনজাইম | |
| Blunt end cutters blunt ends তৈরি করে। | আঠালো প্রান্ত কাটারগুলি আঠালো বা একত্রিত প্রান্ত তৈরি করে। |
| মিলের প্রয়োজনীয়তা শেষ হয় | |
| এতে মিলিত টুকরো বা পরিপূরক ভিত্তির প্রয়োজন নেই। | বেস জোড়া গঠনের জন্য শেষ প্রান্তে পরিপূরক ঘাঁটি প্রয়োজন। |
| দক্ষতা | |
| এটি স্টিকি এন্ড লাইগেশনের চেয়ে কম কার্যকরী | এটি ব্লন্ট এন্ড লাইগেশনের চেয়ে বেশি কার্যকর। |
সারাংশ – ব্লান্ট বনাম স্টিকি এন্ড লিগেশন
রেস্ট্রিকশন এন্ডোনিউক্লিজস ডিএসডিএনএ ক্লিভ করতে এবং বিভিন্ন প্রান্তে ডিএনএ টুকরো তৈরি করতে সক্ষম।তারা নির্দিষ্ট ক্রমগুলিকে চিনতে পারে এবং ডিএনএকে আঠালো এবং ভোঁতা প্রান্ত তৈরি করে সীমাবদ্ধ করে। স্টিকি প্রান্তের টুকরোগুলোর শেষে জোড়াবিহীন বেস থাকে। ভোঁতা প্রান্তগুলি একটি সরল বিভাজনের কারণে তৈরি হয় এবং তাদের প্রান্তে বেস জোড়া থাকে। স্টিকি এন্ড লাইগেশনের জন্য দুটি পরিপূরক একক-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ টুকরা প্রয়োজন। যে কোনো দুটি ভোঁতা শেষ খণ্ডের মধ্যে ব্লন্ট এন্ড লাইগেশন ঘটে। এটি ভোঁতা এবং আঠালো বন্ধনের মধ্যে পার্থক্য৷
