মূল পার্থক্য – RT PCR বনাম QPCR
পলিমারেজ চেইন রিঅ্যাকশন হল একটি কৌশল যা ভিট্রোতে ডিএনএর একটি নির্দিষ্ট অঞ্চলকে প্রসারিত করতে ব্যবহৃত হয়। 1983 সালে ক্যারি মুলিসের এই কৌশলটি আবিষ্কারের কারণে, বিজ্ঞানীরা গবেষণার উদ্দেশ্যে নির্দিষ্ট ডিএনএ খণ্ডের হাজার থেকে মিলিয়ন কপি তৈরি করতে সক্ষম হন। বর্তমানে এটি বিভিন্ন ধরণের অ্যাপ্লিকেশনের জন্য ক্লিনিকাল এবং গবেষণাগারগুলিতে একটি সাধারণ এবং নিয়মিতভাবে সম্পাদিত কৌশল হয়ে উঠেছে। প্রথাগত পিসিআর কৌশলের বিভিন্নতা রয়েছে যেমন RT PCR, নেস্টেড PCR, মাল্টিপ্লেক্স PCR, Q PCR, RT – QPCR ইত্যাদি। RT PCR এবং Q PCR হল PCR-এর দুটি গুরুত্বপূর্ণ প্রকরণ। আরটি পিসিআর এবং কিউ পিসিআর-এর মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে আরএনএ থেকে পরিপূরক ডিএনএ (সিডিএনএ) প্রতিলিপি তৈরির মাধ্যমে জিনের অভিব্যক্তি সনাক্ত করতে আরটি পিসিআর ব্যবহার করা হয় যেখানে ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক ব্যবহার করে পিসিআর পণ্যগুলি পরিমাণগতভাবে পরিমাপ করতে Q পিসিআর ব্যবহার করা হয়।
RT PCR কি?
রিভার্স ট্রান্সক্রিপশন পলিমারেজ চেইন রিঅ্যাকশন (RT PCR) হল PCR-এর একটি রূপ যা RNA এক্সপ্রেশন সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। টিস্যুতে এমআরএনএ এক্সপ্রেশন সনাক্ত করার জন্য এটি একটি অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ পদ্ধতি। RT PCR নিযুক্ত করা হয় যখন নমুনার শুরুর উপাদান RNA হয়। RT PCR-তে, টেমপ্লেট mRNA প্রথমে পরিপূরক DNA-তে রূপান্তরিত হয়। এই ধাপটি এনজাইম রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেজ দ্বারা অনুঘটক করা হয় এবং প্রক্রিয়াটি বিপরীত প্রতিলিপি হিসাবে পরিচিত। দ্বিতীয়ত, পরিবর্ধনের জন্য সদ্য সংশ্লেষিত সিডিএনএ-র জন্য ঐতিহ্যবাহী পিসিআর ব্যবহার করা হয়।
RT PCR একটি অত্যন্ত সংবেদনশীল কৌশল যার জন্য অপেক্ষাকৃত অল্প পরিমাণে RNA নমুনা প্রয়োজন। আরটি পিসিআর সাধারণত আরএনএ প্রজাতির নির্ণয় এবং পরিমাণ নির্ধারণে ব্যবহৃত হয়, বিশেষ করে আরএনএ ভাইরাস যেমন হিউম্যান ইমিউনোডেফিসিয়েন্সি ভাইরাস এবং হেপাটাইটিস সি ভাইরাস।
চিত্র 01: RT PCR টেকনিক
QPCR কি?
পরিমাণগত PCR (QPCR) হল PCR-এর একটি রূপ যা PCR পণ্যগুলি পরিমাণগতভাবে পরিমাপ করতে ব্যবহৃত হয়। এটিকে রিয়েল-টাইম পলিমারেজ চেইন প্রতিক্রিয়া হিসাবেও উল্লেখ করা হয় কারণ এটি রিয়েল টাইম পিসিআর মেশিন ব্যবহার করে বাস্তব সময়ের পরিবর্ধন পরিমাপ করে। এটি একটি নমুনায় উপস্থিত একটি লক্ষ্য ক্রম বা জিনের পরিমাণ নির্ধারণের জন্য একটি উপযুক্ত পদ্ধতি। QPCR-এর আকর্ষণীয় বৈশিষ্ট্য হল যে এটি একটি একক ধাপে পরিবর্ধন এবং প্রকৃত পরিমাণ উভয়ই একত্রিত করে। অতএব, সনাক্তকরণে জেল ইলেক্ট্রোফোরসিসের প্রয়োজনীয়তা QPCR কৌশল দ্বারা নির্মূল করা যেতে পারে। কিউপিসিআর পিসিআর প্রতিক্রিয়ার সময় পিসিআর পণ্যগুলিকে লেবেল করার জন্য ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক ব্যবহার করে যা অবশেষে সরাসরি পরিমাপের দিকে নিয়ে যায়। যখন পিসিআর পণ্যগুলি জমা হয়, ফ্লুরোসেন্ট সংকেতগুলিও জমা হয় এবং এটি রিয়েল টাইম মেশিন দ্বারা পরিমাপ করা হবে। QPCR কে RT PCR এর সাথে একত্রিত করা যেতে পারে। এটি RT – QPCR বা QRT – PCR নামে পরিচিত এবং কোষ বা টিস্যুতে RNA মাত্রা সনাক্তকরণের জন্য এটি সবচেয়ে শক্তিশালী, সংবেদনশীল এবং পরিমাণগত পদ্ধতি হিসাবে বিবেচিত হয়।
SYBR গ্রীন এবং তাকমান হল দুটি পদ্ধতি যা রিয়েল টাইম পিসিআর-এর পরিবর্ধন প্রক্রিয়া সনাক্ত বা দেখার জন্য নিযুক্ত করা হয়। SYBR সবুজ পদ্ধতি SYBR সবুজ নামক একটি ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক ব্যবহার করে সঞ্চালিত হয় এবং ডাবল স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ তৈরি করতে ডাইকে আবদ্ধ করে পরিবর্ধন সনাক্ত করে। তাকমান দ্বৈত-লেবেলযুক্ত প্রোব ব্যবহার করে সঞ্চালিত হয় এবং তাক পলিমারেজ দ্বারা প্রোবের অবক্ষয় এবং চিত্র 02-এ দেখানো ফ্লুরোফোর প্রকাশের মাধ্যমে পরিবর্ধন সনাক্ত করে। উভয় পদ্ধতিই পরিবর্ধন প্রক্রিয়ার অগ্রগতি নিরীক্ষণ করে এবং পণ্যের পরিমাণ রিয়েল টাইমে রিপোর্ট করে।.
রিয়েল টাইম পিসিআর-এর বিভিন্ন ধরনের অ্যাপ্লিকেশন রয়েছে যেমন জিন এক্সপ্রেশন কোয়ান্টিফিকেশন, মাইক্রোআরএনএ এবং ননকোডিং আরএনএ বিশ্লেষণ, এসএনপি জিনোটাইপিং, কপি নম্বর বৈচিত্র সনাক্তকরণ, বিরল মিউটেশন সনাক্তকরণ, জেনেটিকালি পরিবর্তিত জীব সনাক্তকরণ, সংক্রামক এজেন্ট সনাক্তকরণ ইত্যাদি।
চিত্র 02: পরিমাণগত পিসিআর কৌশল
RT PCR এবং QPCR এর মধ্যে পার্থক্য কী?
RT PCR বনাম QPCR |
|
| RT PCR হল একটি কৌশল যা পরিবর্ধনের মাধ্যমে জিনের অভিব্যক্তি সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। | QPCR হল এমন একটি কৌশল যা ডিএনএকে প্রশস্ত করে এবং পিসিআর পণ্যগুলিকে রিয়েল টাইমে পরিমাপ করে৷ |
| রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেজ এনজাইমের সম্পৃক্ততা | |
| আরটি পিসিআর-এর জন্য এনজাইম রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেজ ব্যবহার করা হয়। | এনজাইম রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেজ QPCR এর জন্য ব্যবহৃত হয় না। |
| ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত অণুর ব্যবহার | |
| আরটি পিসিআর-এর জন্য ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত রং বা প্রোব ব্যবহার করা হয় না। | QPCR-এর জন্য ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত রং বা প্রোব ব্যবহার করা হয়। |
| পিসিআর পণ্যের পরিমাণ | |
| QPCR এর সাথে মিলিত না হলে, RT PCR PCR পণ্যের পরিমাণ নির্ধারণ করে না। | QPCR পরিমাণগতভাবে PCR পণ্য পরিমাপ করুন। |
| প্রারম্ভিক উপাদান | |
| শুরু করার উপাদান হল mRNA৷ | শুরু করার উপাদান হল DNA। |
| cDNA এর সংশ্লেষণ | |
| আরটি পিসিআর-এর সময় পরিপূরক ডিএনএ তৈরি হয়। | QPCR এর সময় পরিপূরক ডিএনএ তৈরি হয় না। |
সারাংশ – RT PCR বনাম QPCR
RT PCR এবং QPCR হল প্রথাগত PCR-এর দুটি সংস্করণ। আরটি পিসিআর কৌশলটি এমআরএনএ নমুনার জন্য সঞ্চালিত হয় এবং এটি বিপরীত প্রতিলিপি এবং সিডিএনএ উত্পাদন দ্বারা চালিত হয়।ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক বা লেবেলযুক্ত প্রোব ব্যবহার করে রিয়েল টাইম পিসিআর তাপচক্রের সময় পিসিআর পণ্যের পরিমাণ নির্ধারণ করতে QPCR ব্যবহার করা হয়। QPCR-এ, PCR পণ্যের পরিমাণ নমুনা দ্বারা নির্গত ফ্লুরোসেন্ট সংকেত দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়। RT PCR জনপ্রিয়ভাবে একটি পরিবর্ধন প্রক্রিয়া হিসাবে ব্যবহৃত হয় যখন QPCR সাধারণত একটি পরিমাপ প্রক্রিয়া হিসাবে ব্যবহৃত হয়। এটি RT PCR এবং QPCR এর মধ্যে পার্থক্য।
