মূল পার্থক্য - SYBR সবুজ বনাম তাকমান
SYBR গ্রীন এবং তাকমান হল দুটি পদ্ধতি যা রিয়েল-টাইম পিসিআর-এর পরিবর্ধন প্রক্রিয়া সনাক্ত বা দেখার জন্য নিযুক্ত করা হয়। এসওয়াইবিআর গ্রীন হল ইন্টারক্যালেটিং নিউক্লিক অ্যাসিড স্টেনিং ডাই এর উপর ভিত্তি করে একটি পদ্ধতি যেখানে তাকমান হল হাইড্রোলাইসিস প্রোবের উপর ভিত্তি করে একটি পদ্ধতি। উভয় প্রযুক্তিই পিসিআর চলাকালীন ফ্লুরোসেন্স তৈরি করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, যা রিয়েল-টাইম পিসিআর মেশিনকে "রিয়েল টাইমে" প্রতিক্রিয়া নিরীক্ষণ করতে দেয়। এসওয়াইবিআর গ্রিন পদ্ধতিটি এসওয়াইবিআর গ্রীন নামক একটি ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক ব্যবহার করে বাহিত হয় এবং উত্পাদিত ডাবল স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ-তে রঞ্জক আবদ্ধ করে পরিবর্ধন সনাক্ত করে। তাকমান ডুয়াল-লেবেলযুক্ত প্রোব ব্যবহার করে বাহিত হয় এবং তাক পলিমারেজ এবং ফ্লুরোফোর রিলিজ দ্বারা প্রোবের অবক্ষয় দ্বারা পরিবর্ধন সনাক্ত করে।এটি এসওয়াইবিআর গ্রিন এবং তাকমানের মধ্যে মূল পার্থক্য।
SYBR সবুজ কি?
SYBR সবুজ হল একটি ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক যা নিউক্লিক অ্যাসিড, বিশেষ করে মলিকুলার বায়োলজিতে ডবল স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএকে দাগ দিতে ব্যবহৃত হয়। রিয়েল-টাইম পিসিআর চলাকালীন পিসিআর পণ্যের পরিমাণ নির্ধারণ করতে এসওয়াইবিআর সবুজ পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়। একবার এটি ডিএনএর সাথে আবদ্ধ হয়ে গেলে, ফলস্বরূপ ডিএনএ-ডাই কমপ্লেক্স নীল আলো শোষণ করে এবং তীব্র সবুজ আলো নির্গত করে। ডাই অণুতে ডবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ-র সাথে আবদ্ধ হওয়ার সময় কাঠামোগত পরিবর্তনের কারণে এটি ঘটে। যখন পিসিআর আরও বেশি ডিএনএ তৈরি করে, তখন আরও রঞ্জক অণুগুলি ডিএনএর সাথে আবদ্ধ হয়, আরও ফ্লুরোসেন্স তৈরি করে। অতএব, পিসিআর পণ্য জমা হওয়ার সাথে সাথে প্রতিপ্রভা বৃদ্ধি পায়। তাই, পিসিআর পণ্যের পরিমাণ পরিমাণগতভাবে SYBR গ্রিন ফ্লুরোসেন্স সনাক্তকরণ দ্বারা পরিমাপ করা যেতে পারে।
SYBR গ্রিন ডাই সাইটোমেট্রি এবং ফ্লুরোসেন্ট মাইক্রোস্কোপিতে ডিএনএ লেবেলিংয়ের জন্যও ব্যবহার করা যেতে পারে। ইথিডিয়াম ব্রোমাইড সফলভাবে এসওয়াইবিআর গ্রিন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়েছে যেহেতু ইথিডিয়াম ব্রোমাইড একটি কার্সিনোজেনিক রঞ্জক যা জেল ইলেক্ট্রোফোরসিসে ডিএনএ ভিজ্যুয়ালাইজেশনের সময় নিষ্পত্তিজনিত সমস্যাযুক্ত।
এসওয়াইবিআর সবুজ পদ্ধতির সুবিধা এবং অসুবিধা রয়েছে। এই পদ্ধতিটি অত্যন্ত সংবেদনশীল, সস্তা এবং ব্যবহার করা সহজ। যাইহোক, যেকোনো ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএর সাথে আবদ্ধ হওয়ার ক্ষমতার কারণে, অ-নির্দিষ্ট বাঁধাই পিসিআর পণ্যের মাত্রাতিরিক্ত পরিমাণে পরিণত করতে পারে।
চিত্র 01: SYBR গ্রিন টেকনিক
তাকমান কি?
তাকমান হল রিয়েল-টাইম পিসিআর প্রক্রিয়া নিরীক্ষণের জন্য SYBR গ্রীন-এর একটি বিকল্প পদ্ধতি। এই পদ্ধতিটি নতুন স্ট্র্যান্ডের সম্প্রসারণ এবং ফ্লুরোফোর মুক্তির সময় প্রোবগুলিকে অবনমিত করার জন্য Taq পলিমারেজ এনজাইমের 5’ - 3’ এক্সোনুক্লিজ কার্যকলাপের উপর নির্ভর করে। এই পদ্ধতিতে ডুয়াল-লেবেলযুক্ত প্রোবগুলি ব্যবহার করা হয় এবং এটি প্রোবের হাইড্রোলাইসিসের উপর ভিত্তি করে। প্রোবগুলিকে ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত ডিএনএ অলিগোনিউক্লিওটাইডস যার 5’ প্রান্তে একটি ফ্লুরোসেন্ট রিপোর্টার অণু (ফ্লুরোফোর) এবং 3’ প্রান্তে একটি quencher অণু রয়েছে।এগুলি প্রাইমার অ্যানিলসের বিপরীত দিকে একক আটকে থাকা টেমপ্লেটের সাথে আবদ্ধ করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। Taq পলিমারেজ প্রাইমারে নিউক্লিওটাইড যোগ করে এবং দ্বৈত-লেবেলযুক্ত প্রোবের দিকে নতুন স্ট্র্যান্ড প্রসারিত করে। একবার Taq পলিমারেজ প্রোবের সাথে মিলিত হলে, Taq পলিমারেজের exonuclease অ্যাকশন প্রোবটিকে সক্রিয় করে এবং অধঃপতন করে। একবার এটি নতুন স্ট্র্যান্ডের সংশ্লেষণ সম্পূর্ণ করে, প্রোবটি সম্পূর্ণ অবক্ষয়ের শিকার হয় এবং ফ্লুরোফোর ছেড়ে দেয়। ফ্লুরোফোরের মুক্তি ফ্লুরোসেন্স তৈরি করে। ফ্লুরোসেন্ট কুইঞ্চার অণু দক্ষতার সাথে নির্গত আলো নিভিয়ে দেয় এবং পিসিআর পণ্যের পরিমাণ নির্ধারণের জন্য আউটপুট তৈরি করে। ফ্লুরোফোরের মুক্তি এবং পিসিআর পণ্যের পরিমাণ সমানুপাতিক। তাই তাকমান পদ্ধতিতে সহজেই পরিমাপ করা যায়।
চিত্র 02: তাকমান পদ্ধতি
তাকমান পদ্ধতিটি রিয়েল টাইম পিসিআর, জিনের প্রকাশের পরিমাণ নির্ধারণ, জেনেটিক পলিমারফিজম সনাক্তকরণ, ক্রোমোজোমাল ডিএনএ মুছে ফেলার পরিমাণ নির্ধারণ, ব্যাকটেরিয়া সনাক্তকরণ, মাইক্রোয়ারে বিশ্লেষণের যাচাইকরণ, এসএনপি জিনোটাইপিং ইত্যাদি ব্যবহার করা হয়।
SYBR সবুজ এবং তাকমানের মধ্যে পার্থক্য কী?
SYBR সবুজ বনাম তাকমান |
|
| SYBR সবুজ DNA বাইন্ডিং ডাই এর উপর ভিত্তি করে। | তাকমান হাইব্রিডাইজেশন প্রোবের উপর নির্ভর করে এবং তাক পলিমারেজের 5’ থেকে 3’ এক্সোনিউক্লিজ অ্যাক্টিভিটি। |
| ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত প্রোব | |
| কোন ফ্লুরোসেন্টলি লেবেলযুক্ত প্রোবের প্রয়োজন নেই৷ | ডুয়াল-লেবেলযুক্ত প্রোব প্রয়োজন৷ |
| মাল্টিপ্লেক্স জিন বিশ্লেষণ | |
| এটি মাল্টিপ্লেক্স জিন টার্গেটের জন্য ব্যবহার করা যাবে না। | এটি মাল্টিপ্লেক্স জিন টার্গেটের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে। |
| খরচ | |
| এটির দাম কম৷ | এটি আরও ব্যয়বহুল। |
| নির্দিষ্টতা | |
| এটি কম নির্দিষ্ট এবং যেকোনো ডাবল স্ট্র্যান্ড ডিএনএর সাথে আবদ্ধ হয় | এগুলি অত্যন্ত সুনির্দিষ্ট কারণ প্রোবগুলি নির্দিষ্ট পরিবর্ধন পণ্যগুলি সনাক্ত করে৷ |
| কার্যকারিতা | |
| এটি কম কার্যকর। | এটি অত্যন্ত কার্যকর৷ |
| আবেদন | |
| এটি রিয়েল-টাইম পিসিআর, অ্যাগারোজ জেল ভিজ্যুয়ালাইজেশন, ডিএনএ লেবেলিং ইত্যাদিতে ব্যবহৃত হয়। | এটি রিয়েল টাইম পিসিআর, জিনের প্রকাশের পরিমাণ নির্ধারণ, জেনেটিক পলিমারফিজম সনাক্তকরণ ইত্যাদিতে ব্যবহৃত হয়। |
সারাংশ – SYBR সবুজ এবং তাকমান
তাকমান এবং এসওয়াইবিআর গ্রীন হল দুটি পদ্ধতি যা রিয়েল-টাইম পিসিআর (পরিমাণগত পিসিআর) এ ব্যবহৃত হয়। উভয় পদ্ধতিই দক্ষতার সাথে পিসিআর পণ্যের পরিমাণ নির্ধারণ করতে সক্ষম করে এবং ফ্লুরোসেন্স নির্গমনের উপর নির্ভর করে। তাকমান পদ্ধতি জমে থাকা ডিএনএ সনাক্তকরণের জন্য দ্বৈত-লেবেলযুক্ত প্রোব ব্যবহার করে যেখানে এসওয়াইবিআর গ্রিন পদ্ধতি একটি ফ্লুরোসেন্ট রঞ্জক ব্যবহার করে। এই উভয় পদ্ধতিরও আণবিক জীববিজ্ঞানে ভিন্ন ভিন্ন প্রয়োগ রয়েছে।
