মূল পার্থক্য – SDS পৃষ্ঠা বনাম নেটিভ পৃষ্ঠা
SDS এবং নেটিভ পেজ হল দুই ধরনের পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস কৌশল যা মলিকুলার বায়োলজিতে ব্যবহৃত হয়। এসডিএস পেজ এবং নেটিভ পেজের মধ্যে মূল পার্থক্য হল পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেলের ধরন। এসডিএস পৃষ্ঠায় একটি ডিনাচারিং জেল ব্যবহার করা হয় তাই, অণুগুলি তাদের আণবিক ওজনের উপর ভিত্তি করে পৃথক করা হয়। বিপরীতে, নেটিভ পেজে, নন-ডিনেচারিং জেল ব্যবহার করা হয়। অতএব, অণুগুলি তাদের আকার, চার্জ এবং আকৃতির উপর ভিত্তি করে পৃথক করা হয়৷
Polyacrylamide জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (পৃষ্ঠা) মিথিলিন বিসাক্রাইলামাইডের সাথে পলিমারাইজিং অ্যাক্রিলামাইড মনোমার দ্বারা তৈরি একটি জেল ব্যবহার করে।পলিঅ্যাক্রিলামাইড অ্যাগারোজের চেয়ে শক্ত এবং আরও তাপ স্থিতিশীল। পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেলগুলির একটি ছোট ছিদ্রের আকার রয়েছে যা প্রোটিনগুলির দক্ষ পৃথকীকরণকে সক্ষম করে। দুটি প্রধান ধরনের পেজ সেটআপ আছে যথা SDS পেজ এবং নেটিভ পেজ। এসডিএস পেজ বা সোডিয়াম-ডোডেসিল সালফেট পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস প্রোটিনকে তাদের আণবিক ওজনের উপর ভিত্তি করে আলাদা করে। ডিনাচারিং জেল এসডিএস পেজে ব্যবহার করা হয়। নেটিভ পেজ নন-ডিনেচারিং জেল ব্যবহার করে এবং তাদের আকার, চার্জ এবং আকৃতির (3D কনফর্মেশন) উপর ভিত্তি করে প্রোটিনকে আলাদা করে।
এসডিএস পৃষ্ঠা কী?
SDS পেজ হল সবচেয়ে সাধারণ ইলেক্ট্রোফোরেটিক কৌশল যা প্রোটিনকে তাদের আণবিক ওজনের উপর ভিত্তি করে আলাদা করতে ব্যবহৃত হয়। জেলটি এসডিএস (সোডিয়াম ডোডেসিল সালফেট) যোগ করে তৈরি করা হয়, যা একটি ডিটারজেন্ট। এসডিএস প্রোটিনকে মনোমারে পরিণত করে। এসডিএস একটি অ্যানিওনিক ডিটারজেন্ট। অতএব, এটি একটি বিস্তৃত pH সীমার মধ্যে প্রোটিনগুলিতে একটি নেট নেতিবাচক চার্জ যোগ করে। যখন প্রোটিন অণুতে নেট ঋণাত্মক চার্জ দেওয়া হয়, চার্জের তারতম্যের কারণে, জটিল গঠনগুলি ভেঙে যায়।নেতিবাচক চার্জের কারণে, প্রোটিনগুলি ইতিবাচক প্রান্তের দিকে আকর্ষণ করে। এইভাবে কম আণবিক ওজনের অণুগুলি জেল ম্যাট্রিক্সে দ্রুত ভ্রমণ করে এবং অ্যানোডের কাছাকাছি লক্ষ্য করা যায়, যেখানে উচ্চতর আণবিক ওজনের প্রোটিনগুলি কূপের কাছাকাছি পরিলক্ষিত হয়৷
চিত্র 01: SDS পৃষ্ঠা
পলিপেপটাইড চেইনের সাথে SDS বাঁধাই এর আপেক্ষিক আণবিক ভরের সমানুপাতিক। অতএব, আণবিক ভরও SDS পৃষ্ঠার মাধ্যমে নির্ধারণ করা যেতে পারে। ব্রোমোফেনল ব্লু স্টেনিং দ্বারা এসডিএস পেজ জেলগুলির স্টেনিং করা হয়। SDS পৃষ্ঠার প্রয়োগগুলি একটি বৃহত্তর পরিসরে যেখানে এটি আপেক্ষিক আণবিক ভর অনুমান করতে এবং প্রোটিনের মিশ্রণে প্রোটিনের আপেক্ষিক প্রাচুর্য নির্ধারণ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। প্রোটিনের মিশ্রণে প্রোটিন বন্টন নির্ধারণ করতেও SDS পেজ ব্যবহার করা যেতে পারে।এসডিএস পৃষ্ঠা প্রোটিন পরিশোধন এবং মূল্যায়নের জন্যও প্রয়োগ করা হয়। এটি ওয়েস্টার্ন ব্লটিং এবং হাইব্রিডাইজেশনের প্রাথমিক পদ্ধতি হিসাবে ব্যবহৃত হয়, যা প্রোটিন ম্যাপিং এবং সনাক্তকরণের জন্য ব্যবহৃত হয়।
নেটিভ পেজ কি?
নেটিভ পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (নেটিভ পেজ) একটি নন-ডিনেচারিং জেল ব্যবহার করে। অতএব, জেল ম্যাট্রিক্সে এসডিএস বা অন্য কোনো ডিনাচারিং এজেন্ট যোগ করা হয় না। নেটিভ পেজে, প্রোটিনের বিভাজন চার্জ এবং প্রোটিনের আকারের উপর ভিত্তি করে। অতএব, প্রোটিনের গতিশীলতা প্রোটিনের চার্জ এবং আকারের উপর নির্ভর করে।
প্রোটিনের চার্জ অ্যামিনো অ্যাসিডের পাশের চেইনের উপর নির্ভর করে। যদি পার্শ্ব চেইন নেতিবাচকভাবে চার্জ করা হয়, প্রোটিন একটি সামগ্রিক নেতিবাচক চার্জ গ্রহণ করবে এবং তদ্বিপরীত। ভাঁজ হওয়ার কারণে প্রোটিনগুলি একটি 3D রূপ ধরে রাখে। প্রোটিনের বিভিন্ন ধরনের বন্ধন থেকে ভাঁজ করা হয় যেমন ডাইসালফাইড বন্ড, হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া এবং হাইড্রোজেন বন্ড।অতএব, যদি নেটিভ পেজ একটি নিরপেক্ষ pH এ বহন করা হয়, তাহলে প্রোটিনের আণবিক আকৃতি অনুযায়ী প্রোটিনগুলি পৃথক করা হবে। তাই, প্রোটিনের চার্জ বা কনফর্মেশনের পরিবর্তন শনাক্ত করার জন্য নেটিভ পেজ একটি সংবেদনশীল কৌশল হিসেবে ব্যবহার করা যেতে পারে।
নেটিভ পেজের প্রধান সুবিধা হল যে পৃষ্ঠা বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহৃত প্রোটিনটি পৃষ্ঠা বিশ্লেষণের পরে তার আসল অবস্থায় পুনরুদ্ধার করা যেতে পারে, কারণ প্রক্রিয়া চলাকালীন প্রোটিনটি বিরক্ত হয় না। নেটিভ পেজ একটি অপেক্ষাকৃত উচ্চ থ্রুপুট কৌশল, এবং প্রোটিনের স্থায়িত্ব বৃদ্ধি করা হয়।
চিত্র 02: নেটিভ পেজ
জেল চালানো শেষ হলে, নেটিভ পেজ জেলটি ব্রোমোফেনল ব্লু বা অন্য কোন উপযুক্ত স্টেনিং রিএজেন্ট দিয়ে দাগ দিয়ে দেখা যেতে পারে। নেটিভ পেজের প্রয়োগের মধ্যে রয়েছে গ্লাইকোপ্রোটিন যেমন হিউম্যান রিকম্বিন্যান্ট এরিথ্রোপয়েটিন বা বোভাইন সিরাম অ্যালবুমিন (বিএসএ) এ উপস্থিত প্রোটিন সনাক্তকরণ সহ অ্যাসিডিক প্রোটিনগুলির বিচ্ছেদ।
এসডিএস পৃষ্ঠা এবং নেটিভ পৃষ্ঠার মধ্যে মিল কী?
- এসডিএস পৃষ্ঠা এবং নেটিভ পৃষ্ঠা উভয় সিস্টেমই জেলের ম্যাট্রিক্স হিসাবে পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ব্যবহার করে।
- দুটিই প্রোটিন পৃথকীকরণ এবং সনাক্তকরণের জন্য ব্যবহৃত হয়।
- যৌগগুলিকে আলাদা করতে উভয়ই ইলেক্ট্রোফোরেটিক গতিশীলতা ব্যবহার করে।
- উল্লম্ব পদ্ধতিতে বা অনুভূমিক পদ্ধতিতে উভয়ই করা যেতে পারে (বেশিরভাগই উল্লম্ব পৃষ্ঠা সেটআপ হিসাবে করা হয় কারণ রানের দৈর্ঘ্য বেশি)।
- ইলেক্ট্রোফোরেসিস যন্ত্রপাতি সহ জেল ট্যাঙ্ক, চিরুনি, পাওয়ার সাপ্লাই উভয় কৌশলের জন্য প্রয়োজন।
- জেলের ভিজ্যুয়ালাইজিং উভয় কৌশলেই স্টেনিং পদ্ধতির মাধ্যমে করা যেতে পারে।
এসডিএস পৃষ্ঠা এবং স্থানীয় পৃষ্ঠার মধ্যে পার্থক্য কী?
SDS পেজ বনাম নেটিভ পেজ |
|
| SDS পেজ বা সোডিয়াম-ডোডেসিল সালফেট পেজ তাদের আণবিক ওজনের উপর ভিত্তি করে প্রোটিনকে আলাদা করে এবং এটি একটি ডিনাচারিং জেল ব্যবহার করে। | নেটিভ পেজ নন-ডিনেচারিং জেল ব্যবহার করে এবং তাদের আকার, চার্জ এবং আকৃতির (3D কনফর্মেশন) উপর ভিত্তি করে প্রোটিনকে আলাদা করে। |
| জেলের প্রকার | |
| এসডিএস-পেজে একটি ডিনাচারিং জেল ব্যবহার করা হয়। | নেটিভ পেজে একটি নন-ডিনেচারিং জেল ব্যবহার করা হয়। |
| এসডিএসের উপস্থিতি | |
| এসডিএস পৃষ্ঠায় নমুনায় নেতিবাচক চার্জ দেওয়ার জন্য ডিটারজেন্ট হিসাবে উপস্থিত রয়েছে। | SDS নেটিভ পেজে উপস্থিত নেই৷ |
| বিচ্ছেদের ভিত্তি | |
| এসডিএস পৃষ্ঠায় প্রোটিনের আণবিক ওজনের উপর প্রোটিনের বিভাজন নির্ভর করে। | বিচ্ছেদ নির্ভর করে নেটিভ পেজে প্রোটিন অণুর আকার ও আকৃতির উপর। |
| প্রোটিনের স্থায়িত্ব | |
| এসডিএস পৃষ্ঠায় প্রোটিনের স্থায়িত্ব কম। | নেটিভ পেজে প্রোটিনের স্থায়িত্ব বেশি। |
| মূল প্রোটিন পুনরুদ্ধার | |
| সম্ভব নয় কারণ এটি এসডিএস পৃষ্ঠায় বিকৃত করা হয়েছে। | নেটিভ পেজে সম্ভব। |
সারাংশ – এসডিএস পৃষ্ঠা বনাম নেটিভ পৃষ্ঠা
SDS পেজ এবং নেটিভ পেজ হল দুই ধরনের পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস কৌশল যা প্রোটিন আলাদা করতে ব্যবহৃত হয়। এসডিএস পেজকে এসডিএস নামক একটি ডিটারজেন্ট দিয়ে চিকিত্সা করা হয়। এসডিএস প্রোটিনে একটি সামগ্রিক নেতিবাচক চার্জ প্রদান করে, যার ফলে প্রোটিনের বিকৃতি ঘটে।অতএব, প্রোটিনগুলি তাদের আণবিক ওজনের উপর ভিত্তি করে পৃথক করা হয়। বিপরীতে, নেটিভ পেজ টেকনিক কোনো ডিনেচারিং এজেন্ট ব্যবহার করে না। এইভাবে প্রোটিনগুলি তাদের আকার বা আকৃতির উপর ভিত্তি করে পৃথক করা হয়। এটি হল SDS পৃষ্ঠা এবং নেটিভ পৃষ্ঠার মধ্যে পার্থক্য৷
