মূল পার্থক্য – স্ট্যাকিং জেল বনাম আলাদা জেল
এসডিএস-পেজ কৌশল ব্যাখ্যা করার জন্য স্ট্যাকিং জেল এবং সেপারেটিং জেল শব্দগুলি ব্যবহার করা হয়। SDS-PAGE বা সোডিয়াম ডোডেসিল সালফেট-পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস হল একটি পরীক্ষাগার কৌশল যা প্রোটিন অণুগুলিকে তাদের আণবিক ওজনের উপর ভিত্তি করে আলাদা করতে ব্যবহৃত হয়। কৌশলটির পিছনে তত্ত্বটি হল যে বিভিন্ন আণবিক ওজন সহ প্রোটিনগুলি বিভিন্ন স্থানান্তর হার দেখায়; কম আণবিক ওজনের অণুগুলি দ্রুত স্থানান্তরিত হয় যেখানে উচ্চ আণবিক ওজনের অণুগুলি ধীরে ধীরে স্থানান্তরিত হয়। মাইগ্রেশনের মাধ্যম হল একটি জেল। স্ট্যাকিং জেল এবং বিভাজক জেল নামে দুটি ধরণের জেল রয়েছে।স্ট্যাকিং জেল এবং সেপারেটিং জেলের মধ্যে মূল পার্থক্য হল যে স্ট্যাকিং জেলের pH হল 6.8 যেখানে আলাদা করা জেলের pH হল 8.8.
স্ট্যাকিং জেল কি?
স্ট্যাকিং জেল হল একটি কম ঘনীভূত পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল যা SDS-PAGE কৌশলে আরও ঘনীভূত সমাধানকারী জেলের (সেপারেটিং জেল) উপরে স্থাপন করা হয়। স্ট্যাকিং জেল ইলেক্ট্রোফোরসিসের রেজোলিউশন উন্নত করতে ব্যবহৃত হয়। রেজোলিউশন বৃদ্ধি পায় কারণ নমুনার প্রোটিনগুলির উপর প্রভাব ফেলে স্ট্যাকিং জেল এবং সমাধানকারী জেলের ঘনত্বের মধ্যে পার্থক্য। যেহেতু স্ট্যাকিং জেলে পলিঅ্যাক্রিলামাইডের ঘনত্ব কম, তাই ছিদ্রের আকার বেশি। এটি বিচ্ছেদ বাড়াতেও সাহায্য করে।
স্ট্যাকিং জেল হল একটি ঢিলেঢালা পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল যার বড় ছিদ্র প্রায় 7% পলিঅ্যাক্রিলামাইড। এই ছিদ্রগুলি বড় প্রোটিন অণুর জন্য যথেষ্ট বাধা হিসাবে কাজ করে না। তাই এই জেল সেই প্রোটিনের গতিশীলতার উপর সামান্য প্রভাব ফেলে। এটি দুটি জেলের মধ্যে ঘনীভূত করে প্রোটিনের গতিশীলতা এবং আকার অনুসারে পৃথকীকরণ করে।
চিত্র 01: SDS-PAGE Acrylamide জেল
স্ট্যাকিং জেলের pH হল 6.8৷ এর pH 2 pH ইউনিট দ্বারা সমাধান করা জেলের চেয়ে অম্লীয়। এই পিএইচ একটি নিম্ন আয়নিক শক্তি বোঝায় তাই একটি উচ্চ বৈদ্যুতিক প্রতিরোধের। এটি জেলে উপস্থিত অন্যান্য চার্জযুক্ত কণার তুলনায় প্রোটিনের গতিশীলতাকে উস্কে দেয়।
জেল আলাদা করা কি?
এসডিএস-পেজটেকনিকের জেল আলাদা করা বা সমাধান করার জেল হল একটি উচ্চ ঘনীভূত পলিঅ্যাক্রাইলামাইড জেল যা কম ঘনীভূত স্ট্যাকিং জেলের উপরে রাখা হয়। বিভাজক জেলে উচ্চ পরিমাণে পলিঅ্যাক্রিলামাইড (10%) থাকে। এই জেলের pH কে pH=8.8 হিসাবে রক্ষণাবেক্ষণ করা হয়, যা স্ট্যাকিং জেলের তুলনায় উচ্চতর pH মাত্রা।
চিত্র 02: একটি জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস যন্ত্রপাতি
যখন প্রোটিন অণুগুলি বিভাজক জেলে পৌঁছায়, তখন সেই অণুগুলির স্থানান্তর ধীর হয়ে যায় কারণ বিভাজক জেলটি একটি ছোট ছিদ্রযুক্ত আকারের উচ্চ ঘনত্বের জেল যা প্রোটিন অণুগুলির চলাচলের জন্য যথেষ্ট বাধা হিসাবে কাজ করতে পারে।. এই ধীরগতির ফলে অন্যান্য প্রোটিনগুলি ধীরে ধীরে স্থানান্তরিত হয়, যার ফলে দুটি জেলের মধ্যে একটি সংকীর্ণ, ঘনীভূত ব্যান্ড তৈরি হয়৷
স্ট্যাকিং জেল এবং জেল আলাদা করার মধ্যে সম্পর্ক কী?
স্ট্যাকিং জেল এবং সেপারেটিং জেল উভয় প্রকার একই যন্ত্রপাতিতে ব্যবহৃত হয়।
স্ট্যাকিং জেল এবং জেল আলাদা করার মধ্যে পার্থক্য কী?
স্ট্যাকিং জেল বনাম সেপারেটিং জেল |
|
| স্ট্যাকিং জেল হল একটি কম ঘনীভূত পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল যা SDS-PAGE কৌশলে আরও ঘনীভূত সমাধানকারী জেলের (সেপারেটিং জেল) উপরে স্থাপন করা হয়। | এসডিএস-পেজ কৌশলের জেল আলাদা করা বা সমাধান করা জেল হল একটি উচ্চ ঘনীভূত পলিঅ্যাক্রাইলামাইড জেল যা একটি কম ঘনীভূত স্ট্যাকিং জেলের উপরে স্থাপন করা হয়। |
| বসানো | |
| স্ট্যাকিং জেলটি সমাধানকারী (বিচ্ছিন্ন) জেলের উপর স্থাপন করা হয়। | জেল ইলেক্ট্রোফোরসিসের জন্য ব্যবহৃত পাত্রের নীচের অংশে আলাদা করা জেল স্থাপন করা হয়৷ |
| ঘনত্ব | |
| স্ট্যাকিং জেলের ঘনত্ব বেশি৷ | পৃথককারী জেলের ঘনত্ব কম৷ |
| পলিঅ্যাক্রিলামাইড সামগ্রী | |
| স্ট্যাকিং জেলে প্রায় ৭% পলিঅ্যাক্রিলামাইড থাকে। | সেপারেটিং জেলে প্রায় 10% পলিঅ্যাক্রিলামাইড থাকে। |
| pH | |
| স্ট্যাকিং জেলের pH হল ৬.৮. | পৃথককারী জেলের pH হল ৮.৮. |
| ছিদ্রের আকার | |
| স্ট্যাকিং জেলে বড় ছিদ্র আকারে উপস্থিত থাকে। | ছোট ছিদ্রের আকার আলাদা করা জেলে উপস্থিত থাকে। |
| রেজোলিউশন | |
| স্ট্যাকিং জেল ভালো রেজোলিউশন দেয়। | জেল আলাদা করা খারাপ রেজোলিউশন দেয়। |
সারাংশ – স্ট্যাকিং জেল বনাম আলাদা জেল
স্ট্যাকিং জেল এবং সেপারেটিং জেল হল দুটি ধরণের পলিঅ্যাক্রাইলামাইড জেল যা একটি প্রদত্ত নমুনায় প্রোটিন অণুগুলির আরও ভাল বিচ্ছেদ পেতে ব্যবহৃত হয়।স্ট্যাকিং জেল এবং সেপারেটিং জেলের মধ্যে পার্থক্য হল যে স্ট্যাকিং জেলের pH হল 6.8 যেখানে আলাদা করা জেলের pH হল 8.8.
